V květnu 1687 velel obchodní lodi „Malaga Merchant“ a byl zrovna na palubě v době, kdy loď napadli berberští piráti z Maroka. Ihned proti nim zorganizoval úspěšnou obranu a piráti museli uprchnout s nepořízenou. Poté se ale začalo tradovat, že Benbow odřízl a nasolil hlavy třinácti Maurů, kteří byli zabiti na palubě jeho lodi, a pak je odvezl do Cádizu, aby si za ně vyžádal od smírčího soudce příslušnou odměnu. Lebka Maura vypreparovaná potom z jedné z těchto hlav byla natřena lakem, zasazena do stříbra a označena štítkem s nápisem „První dobrodružství kapitána Johna Benbowa“. Jak k tomu osobně přispěl sám Benbow ale přesně známo není.
Po tzv. Slavné revoluci v roce 1688, kdy byl z anglického trůnu svržen král Jakub II. a na jeho místo jako Vilém III. usedl nizozemský místodržitel Vilém Oranžský, se Benbow do řad královského námořnictva vrátil, ovšem už v důstojnické hodnosti. Vyznamenal se potom především ve Válce o španělské dědictví, resp. o španělský královský trůn, který po vymření španělské větve habsburské dynastie roku 1700 zůstal neobsazen.
Admirál Benbow se proslavil hned na začátku tohoto konfliktu, když 19. srpna 1702 napadla jeho flotila sedmi lodí s 50 až 70 děly na palubách poblíž jihoamerického města Santa Marty mnohem slabšího nepřítele, čtyři francouzské lodě s 68 až 70 děly. To, co následovalo, představuje jeden z nejslavnějších a zároveň nejostudnějších okamžiků britského námořnictva. Anglické lodě byly od sebe dosti daleko vzdáleny a při slabém větru se seskupovaly jen pomalu. V bojovém postavení, tj. seřazeny do jedné linie, nebyly pořádně ještě ani ve čtyři hodiny odpoledne, takže jejich bitva s francouzskými loděmi trvala jen dvě hodiny a byla přerušena soumrakem.
Průběh střetu ukázal rozpad disciplíny Bendowových kapitánů. Benbow zamýšlel, že loď kapitána Kirkbyho „Defiance“ (64 děl) bude v čele bitevní linie, ale Kirkby tento rozkaz nesplnil. Benbow ho proto sám nahradil se svou lodí „Breda“ (70 děl) následován lodí „Ruby“ (50 děl) kapitána Waltona. Když padla tma, tyto dvě lodi i nadále udržovaly kontakt s nepřítelem po celou noc, ale dalších pět lodí se k nim v tomto nepřipojilo.
Následující dny potom začali Angličané Francouze pronásledovat, což trvalo až do 24. srpna, kdy se k Benbowovi a Waltonovi připojila ještě loď „Falmouth“ s kapitánem Vincentem. Společně se snažili přinutit Francouze k bitvě a chvílemi jen oni čelili náporu dělostřelecké palby celé francouzské flotily. Těžce zasaženou loď „Ruby“ odvelel admirál Benbow do přístavu Port Royal na Jamajce a Francouzi potom obklíčili admirálovu loď a pálili na ni dál z děl. Benbow byl přitom zasažen řetězovou střelou, která mu zlomila nohu, a byl odnesen do své kajuty. Tzv. řetězová střela sestávala ze dvou dělostřeleckých koulí spojených řetězem vypálených současně ze dvou děl a jejich účelem bylo především pokusit se přerazit stěžeň nepřátelské lodi. Jiný její typ vypadal tak, že šlo o jednu dutou kouli rozdělenou napůl a řetěz, který obě polokoule spojoval, byl schovaný před odpálením uvnitř. Na odpálení takové střely pak stačilo jedno dělo.
Těžce zraněný admirál se rozhodl pokračovat dále v boji, navzdory svému zranění a navzdory kapitánovi Kirkbymu, který za ním přišel a pokoušel se ho přesvědčit, aby upustil od pronásledování. Benbow svolal válečnou radu, na které se proti němu Kirkby a i ostatní kapitáni postavili. Společně podepsali dokument připravený Kirkbym, který v něm napsal, že „je přesvědčen, že v bitvě trvající šest dnů flotila ztratila příliš mnoho mužů, než aby pokračovala dál v boji a že existuje malá šance na vítězství, protože muži jsou vyčerpaní, všeobecně je nedostatek munice, lodní výstroj a stožáry jsou poškozené a vítr je slabý a proměnlivý“. Kapitáni proto doporučili akci zastavit a případně pronásledovat Francouze teprve kdyby se situace zlepšila.
Když si admirál Benbow uvědomil, jak se někteří z jeho kapitánů předtím zachovali zbaběle, že nyní záměrně jednají proti němu a kdyby Francouzi vyhráli, stali by se z nich vlastně dezertéři a vlastizrádci. Proto se admirál nyní názoru svých kapitánů podvolil a nařídil, aby se flotila vrátila na Jamajku. Ale to, že má v úmyslu nechat je tam postavit před válečný soud, jim pochopitelně nesdělil.
A to se také stalo. Válečný soud zasedal na Benbowově velitelské lodi „Breda“ a dva kapitány, Kirkbyho a Wadea, pro neuposlechnutí rozkazů (tedy de facto za vzpouru) a zbabělost odsoudil k smrti zastřelením a skutečně také byli popraveni. Dále byl jeden kapitán propuštěn pro opilství, dva statečně bojující kapitáni byli osvobozeni, jeden obviněný během procesu zemřel a kapitán lodi, která již dříve odplula na Jamajku, nebyl souzen vůbec.
Do dalších bojů o španělské dědictví již admirál Benbow nezasáhl. Zlomenou nohu mu bylo třeba amputovat, do rány se mu potom dostala sněť a zemřel na Jamajce 4. listopadu 1702. Válka o španělské dědictví skončila až o více než 10 let později a dopadla v neprospěch Velké Británie. Španělský trůn získali francouzští Bourboni, konkrétně vnuk Ludvíka XIV. zvaného Král Slunce Filip, který na španělský trůn nastoupil jako Filip V. Španělský, a to za podmínky, že se Francie a Španělsko nikdy nespojí. Rakouští Habsburkové si výměnou za to, že se práva na španělský trůn vzdali, vymohli četné územní ústupky a získali tak např. tzv. Španělské Nizozemí, Neapolské království, Sardinií a většinu Milánska. Británie byla odškodněna tím, že si mohla ponechat dvě před válkou získané španělské středomořské základny – Menorcu a Gibraltar.
Jméno admirála Benbowa ale nepatří jen do dějin, ale i do literatury. V proslulém románu Roberta Louise Stevensona „Ostrov pokladů“ je po něm pojmenován hostinec a přijede do něj starý bukanýr Bill Bones, který svým bývalým druhům ukradl mapu „Ostrova kostlivců“, kde je zakopán poklad slavného pirátského kapitána Flinta.
