Thomas Jonathan Jackson se narodil ve Virginii 21. ledna 1824 a byl přijat do Vojenské akademie Spojených států ve West Pointu, sloužil v americké armádě během mexicko-americké války v letech 1846 – 1848 a vyznamenal se v bitvě u Chapultepec (1847). Od roku 1851 do roku 1863 vyučoval na vojenském institutu ve Virginii, kde byl mezi svými studenty nepopulární – říkali mu „Tom Fool“ čili blázen Tom. Přesto některé části jeho učebních osnov zůstaly dodnes aktuální a jsou považovány za nadčasové základy vojenského „řemesla“ – disciplína, mobilita, hodnocení síly a záměrů nepřítele a zároveň utajování své vlastní síly a záměrů a podpoření účinnosti dělostřelectva pěchotním útokem.
Když se Virginie po útoku na Fort Sumter dne 12. dubna 1861 odtrhla od Unie, připojil se Jackson k armádě Konfederace. Vyznamenal se velením brigády v první bitvě o Bull Run (21. července 1861) v níž zastavil prudký útok vojáků Unie jako „kamenná zeď“ (stonewall). Tato přezdívka potom Jacksonovi zůstala do konce života.
Jacskon se osvědčil i v bojích v průběhu následujícího roku 1862. Přes počáteční porážku vojsk Konfederace byl schopen díky rychlým a pečlivým manévrům nakonec porazit tři samostatné armády Unie. Během kampaně v severní Virginii Jacksonova vojska zničila důležitý zásobovací sklad armády generála Johna Popeho a poté vydržela opakované útoky jeho vojsk při druhé bitvě o Bull Run v srpnu 1862. Jacksonova vojska sehrála významnou roli i v zářijové kampani v Marylandu u strategicky důležitého města Harpers Ferry a při zajištění obrany levé fronty Konfederační armády v Antietamu 17. září 1862.
Stejně zdatně si vedl i koncem dubna a začátkem května 1863, když čelil početně větší armádě Unie a 2. května spolu se 30 000 vojáky zahájil překvapivý útok proti pravému křídlu Unie, čímž donutil nepřátelské jednotky ustoupit asi o dvě míle. Když se však Jackson se svým štábem již po setmění vracel do tábora, spletli si ho jeho vlastní vojáci, příslušníci 18. pěšího pluku ze Severní Karolíny, se Seveřany a zahájili na ně palbu. Jejich křiku, že patří k armádě Konfederace, neuvěřili a považovali je za yankeeskou léčku.
Během této tzv. „přátelské palby“ byl Jackson zasažen třemi kulkami, dvěma do levé paže a jednou do pravé ruky, několik dalších mužů z jeho štábu bylo zabito a padlo rovněž mnoho koní. Tma a zmatek zabránily tomu, aby mohl být Jackson okamžitě ošetřen. Potom se ukázalo, že zranění levé ruky je tak vážné, že mu musela být amputována. Pak byl generál odeslán k zotavení se na nedalekou plantáž Thomase C. Chandlera jménem Fairfield. Už během převozu se u Jacksona rozvinuly klasické příznaky zápalu plic, bolest na prsou. To však lékaři mylně považovali za následek Jacksonovy evakuace z bojiště za ztížených podmínek.
Osm dní poté, co byl postřelen, zemřel 10. května 1863 jeden z nejlepších a nejnadějnějších jižanských generálů ve svých 39 letech na komplikace při zápalu plic. I na smrtelném loži zůstal duchovně silný a těsně před smrtí řekl: „Je to Den Páně; mé přání je splněno. Vždy jsem si přál zemřít v neděli.“ A to se také stalo.
Než zemřel, v deliriu ještě vykřikoval bojové rozkazy určené svým důstojníkům, pak se uprostřed věty odmlčel a nechal ji nedokončenou. Na jeho bledé tváři se současně rozprostřel úsměv nevyčerpatelné blaženosti a už tiše a s úlevou klidně řekl: „Přejděmež přes řeku a odpočiňme si ve stínu stromů.“
Jeho úmrtím utrpěla armáda Konfederace značnou, ne-li rozhodující ztrátu. Když se generál Robert E. Lee dozvěděl že je Jackson zraněn, nechal mu vyřídit: „Ztratil jsi levou ruku, ale já svou pravou.“