Cesare Borgia (nar. 13 září 1475), stejně jako sourozenci, se narodil z nemanželského svazku Rodriga Borgii a jeho milenky Vannozzy Cattanei, a otec ho původně předurčil pro církevní dráhu. Ačkoliv Cesare vyrůstal v Itálii, měl katalánský původ jeho otce velký vliv na život celé rodiny. Kromě italštiny se v ní mluvilo i španělsky a k výchově Cesareho a jeho bratrů byli povoláni přední španělští učenci, kteří je vzdělávali v aritmetice, geometrii, hudbě a kreslení. Výuka obsahovala též francouzštinu a klasickou řečtinu a latinu.
Kromě toho se Cesare také učil šermu a jízdě na koni a stal se výborným jezdcem. Ve věku 14 let začal Cesare studovat právní vědy na univerzitě v Perugii a na podzim roku 1491 přešel na univerzitu v Pise, kde získal titul doktora církevního a světského práva. Téhož roku se ve svých 16 letech stal také biskupem v Pamploně ve Španělsku, pochopitelně díky otcovu vlivu.
Rozhodujícím rokem pro celou rodinu byl rok 1492, kdy se Rodrigo Borgia stal papežem a přijal jméno Alexandr VI. Jako první papež se přiznal ke svým nemanželským dětem a moc kterou tak získal, začal využívat, jak se jen dalo. Ještě téhož roku se Cesare stal arcibiskupem ve Valencii, roku 1494 opatem benediktinského kláštera a vzápětí na to ho otec jmenoval kardinálem. Prostě církevní kariéra, o jaké se dnes nikomu ani nesní. Všechny tyto úřady se pro Cesareho také pochopitelně staly zdrojem značných příjmů. Na moci rodiny se podílely i Cesareho sourozenci, bratři Juan a Gioffre a sestra Lucrezia a všichni dohromady spolu s otcem tvořili jeden velký, vlivný a silný rodinný klan.
Jako kardinál sídlil Cesare pochopitelně ve Vatikánu a byl rádcem a důvěrníkem papeže a zároveň otce. Ale nebyl to život ani jednoduchý, ani bezpečný. V roce 1494 francouzský král Karel VIII. podnikl velké vojenské tažení do Itálie s cílem zmocnit se Království neapolského. Poté, co bez odporu vtáhl do Říma, byli papež Alexandr VI. a jeho rádcové nuceni uchýlit se do Andělského hradu a papeži za této tíživé situace nezbylo než svolit, aby Cesare doprovázel francouzské vojsko na cestě do Neapole jako papežský legát. Po dvou dnech se však Cesarovi jako výbornému jezdci podařilo v noci při zastávce u Velletri v převlečení za podkoního uprchnout a vrátit se do Říma pod ochranu otce.
Církevní kariéra jako takové však Cesara nijak zvlášť neoslovila, a osud mu vyšel vstříc. V roce 1497 byl Cesarův bratr Juan, velitel papežových vojenských jednotek v Římě, záhadně zavražděn. Podezření padlo také na Cesara, avšak nikdy se nepotvrdilo. V důsledku smrti svého bratra se Cesare v roce 1498 se svolením otce zřekl církevní dráhy i kardinálského klobouku, čímž se stal prvním kardinálem, který na svůj úřad rezignoval. Potom se věnoval už jen vojenské a politické dráze, po níž ostatně odjakživa toužil. Jeho cílem bylo v dosud roztříštěné Itálii vytvořit alespoň v její střední části jeden kompaktní státní útvar, který by ovládal.
Roku 1499 proto vytáhl proti městu Forli, kterému vládla obávaná vévodkyně Catrina Sforza. Protože ji poddaní nenáviděli, otevřeli Cesaremu brány města pod podmínkou, že jeho francouzští spojenci do města nevstoupí. Cesare to slíbil, ale nedodržel, a Francouzi město vyplenili. Pak začal Cesare dobývat další města ve střední Itálii, která se mu často i sama vzdávala, jen aby se zbavila svých tyranských vladařů. Cesare se v dobytých městech leckdy ukázal jako spravedlivý vládce, udržoval veřejný pořádek a netrpěl banditismus. Když se ale jako vrchní velitel papežské armády spojil s francouzským králem, začal si při dobývání měst počínat doslova bestiálně. V Capui nechal například zmasakrovat 6000 obyvatel včetně kněží a dětí. Po návratu do Říma si počínal obdobně.
Cesareho tažení za sjednocení Itálie vypadala slibně až do srpna 1503, kdy on sám i jeho otec, papež Alexandr VI., těžce onemocněli. Podle některých pramenů byli otráveni jedem, je však možné, že se oba nakazili malárií. Cesare sice nemoc překonal, ale otcova smrt pro Cesareho znamenala začátek konce. Sám si svou moc už potom dlouho udržet nedokázal. Podle Machiavelliho to nebylo kvůli jeho případnému nedostatku státnické prozíravosti, ale v důsledku jeho onemocnění, které ho značně oslabilo. Navíc musel čelit novému nepříteli.
Nový, přes svůj pokročilý věk energický a bojovný papež Julius II. se totiž měl rychle k činu. Když dobyl několik měst dosud ovládaných Cesarem Borgiou, Cesare se uchýlil do Neapole, kterou pro sebe považoval za perspektivní a bezpečnou. To trvalo ale jen do roku 1504, kdy regent Neapolského království, který v něm vládl v zastoupení španělského krále, dal Cesareho na popud nového papeže zatknout. Cesare byl potom mučen, převezen do Španělska a uvězněn v pevnosti La Mota. Po dvou letech Cesare z tohoto vězení odvážně uprchl, když se spustil z věže na hedvábné šňůře. Nepoznán se dostal až do španělské Pamplony, kde se spojil se svým švagrem Jeanem d´Albretem, který tam vládl jako Jan III. Navarrský. Byl to bratr Cesarovy manželky, kterou sice Cesare mezitím opustil, ale to v této chvíli nehrálo roli.
Navarrskému králi tehdy před očekávanou kastilskou invazí chyběl zkušený vojenský velitel, kterým Cesare bezpochyby byl. Když potom Cesare obléhal hrad Viana v severním Španělsku, stalo se, že brzy ráno 11. března 1507 za silné bouře nepřátelští rytíři z hradu jednoduše uprchli. To Cesareho roztrpčilo, protože počítal s tím, že hrad vítězně dobude. Sám potom začal ještě aspoň prchající rytíře pronásledovat. Když uprchlíci zjistili, že Cesare je sám, otočili se proti němu a zabili ho kopím. Potom ho svlékli z drahých šatů, obrali ho o cennosti i o koženou masku, která mu zakrývala polovinu tváře znetvořenou syfilidou, a nechali ho ležet u cesty nahého, jen s genitáliemi zakrytými červenou taškou ze střechy či dlaždicí.
Jeden z nejmocnějších mužů své doby byl potom pohřben ve městě Viana v tamním chrámu Santa Maria v hrobě zakrytým mramorovým náhrobkem s tímto nápisem: V této půdě leží ten, kterého se všichni obávali, ten, který ve svých rukách držel mír i válku.“
Po smrti Cesare Borgii už tento rod nikdy nedosáhl takové slávy, moci, bohatství a postavení jako za něj a za časů jeho otce. Určitě však aspoň nevymřel, Cesare sám byl otcem jednoho legitimního dítěte, dcery Louisy Borgia (1500 – 1553), která vzešla z jeho sňatku se sestrou Jana III. Navarrského, a nejméně 11 potomků nelegitimních. Jeho sestra Lucrezia měla osm dětí a jeho bratr Gioffre čtyři legitimní potomky, počet nelegitimních znám není.
V literární podobě Cesare Borgia částečně přežil v Machiavelliho díle Vladař, dodnes obecně známém a stále aktuálním.
