Nejznámějším druhem na hradě je bezesporu vrápenec malý, který obecně patří mezi kriticky ohrožené druhy netopýrů v ČR. U tohoto netopýra je navíc zaznamenán výrazný pokles početnosti v rámci celé Evropy. Zimní kolonie vrápence malého na Valdštejně zahrnuje celkem 37 jedinců.
Mezi další druhy netopýrů, kteří na Valdštejně přezimují, patří netopýr ušatý, netopýr řasnatý a jeden netopýr velký. Posledně jmenovaný „přespává“ v jeskyni na třetím skalním bloku. Ostatní se „zabydleli“ ve sklepení pod prvním nádvořím.
Ve středu 13. ledna proběhlo sčítání netopýrů, kteří mají na hradě své oblíbené hnízdiště nejenom v létě, ale rovněž v zimě. Zimní kolonie v současné době čítá 40 jedinců.
Sledovaní tu ale nejsou jen živočichové, ale i kvalita vody v místních pramenech. Dobrou zprávou je, že rozbory, provedené 15. ledna 2021, prokázaly, že pramen pod Valdštejnem, stejně jako pramen Boží voda jsou pitné.
