Další rozvoj kanálu doposud brzdilo nejednotné vedení, to by se ale mělo od 1. ledna příštího roku změnit. Hejtmani obou krajů totiž v obřadní síni uherskohradišťské radnice podepsali smlouvy, které převádějí od Agentury pro rozvoj turistiky na Baťově kanálu práva a povinnosti zakladatele v Obecně prospěšné společnosti Baťův kanál na Zlínský a Jihomoravský kraj. Stručně řečeno, Baťův kanál získá jednotné vedení pod patronátem obou krajů.
V současné chvíli se pracuje na prodloužení splavnosti Baťova kanálu z Kroměříže až do Hodonína. Mělo by jít o investici ve výši dvou miliard korun, které půjdou ze státní kasy. Kraje by ale měly investice koordinovat.
