Narodil se roku 1539, v Cardovském statku č. 1, v Neuměřicích u Slaného, či u Kralup nad Vltavou. Do obou měst je to totiž přibližně stejně daleko. Necelých deset kilometrů. Jeho rodiče byli poměrně majetní, tak chlapci umožnili chodit do školy, což tehdy nebylo nic samozřejmého. První vzdělání získal ve Slaném, dále pak v Táboře i Praze. Později odešel do Znojma, aby se zdokonalil v němčině. Ta mu později umožnila studium v Lipsku a Wittenberku.
Do Čech se vrátil poměrně pozdě, až v roce 1570. Nejdříve vyučoval v panských rodinách, potom na škole v Žatci a Pardubicích. Bakalářské hodnosti dosáhl v roce 1577, a o pět let později se stal magistrem. Jeho oborem byla matematika, geografie a astronomie. Přednášel i humanitní obory, jako řeckou a latinskou literaturu. V univerzitní hierarchii vystřídal postupně všechny hodnosti. V roce 1591 ho Rudolf II. povýšil do šlechtického stavu, s přídomkem, z Nauměřic. Rektorem univerzity byl dvakrát. Poprvé v roce 1598. S tříletou přestávkou pak až do své smrti v roce 1612.
Martin Bacháček se nevěnoval žádné systematické vědecké činnosti v pravém smyslu slova. Sestrojoval globusy a psal kalendáře. Hlavním cílem jeho práce byla pedagogická a organizační činnost. Objemem a zaměřením práce to byl vlastně něco jako tehdejší ministr školství.
Psal směrnice pro školy a dbal na kvalitní vzdělávání učitelů. Udržoval kontakty se zahraničím. Na jeho doporučení přišli do Čech tak významní vědci té doby, jako byli Kepler a Tycho Brahe. Nezůstalo pochopitelně jen u pozvání. Bacháček považoval za svou povinnost se těmto vědcům postarat i o ubytování, stejně jako o audienci u císaře. Jeho organizační talent a péče o školství si právem zaslouží, aby jeho jméno bylo zvěčněno na budově Národního muzea v Praze.
