V této podobě vznikl z mořské vápencové jeskyně mořskou erozí – nárazy vln na útes. Vzniklá spára se postupně rozšiřovala, nejprve se vytvořila jeskyně a zhroucením její části vznikl oblouk. Celý tento proces trval asi 500 let.
A stejným způsobem, jak toto skalní okno vzniklo, tak také zaniklo. Proti příkrým a skalnatým stěnám, které se tyčí nad mořskou hladinou, je neustále hnaná příbojová voda. Působí na ně mohutnou mechanickou silou a za bouří dosahuje ohromných tlaků, které jsou schopné odlamovat celé kusy skal. Moře se tak zařezává do pevniny, vytváří třeba jeskyně nebo podemele skalní stěnu a část břehu se zřítí do moře. Takto uvolněné bloky skal se dále rozbijí na kameny a v příboji fungují jako beranidla narážející dál na břeh. Tvrdší části hornin přitom mohou této erozi odolávat déle než ty měkčí, a proto často vznikají u pobřeží osamělé skály nejrůznějších, často bizarních a pitoreskních tvarů.
V případě Azurového okna moře útočilo na kamenný sloup stojící ve vodě tak dlouho, až ho podemlelo či ztenčilo natolik, že už neunesl váhu vodorovné plošiny. Od roku 1981 se tak vzhled brány změnil celkem čtyřikrát. V dubnu roku 2012 se část mostu zřítila a tím se i zvětšilo okno. Další odlamování skály pokračovalo v březnu následujícího roku. I když v geologické zprávě, vypracované několik měsíců poté, bylo uvedeno, že oblouk je „relativně stabilní, a i nadále vytrvá desítky let“, vyplývalo z ní i to, že abraze bude pokračovat a není bezpečné pohybovat se v blízkosti okna nebo dokonce na něj lézt. V následujících letech se objevily trhliny a další úbytek skalní hmoty. Rybáři se už tehdy bráně vyhýbali obloukem a v okolí okna byly umístěny varovné značky a na oblouk byl zakázán vstup pod pokutou až 1500 eur. Přesto se lidé po něm procházeli ještě několik dnů před zhroucením.
K tomu došlo během silné bouře 8. března 2017 v 9.40 místního času, kdy se oblouk okna a potom i volně stojící pilíř kompletně zhroutily do moře. Vše pohltila voda, zůstal jen pilíř na pobřeží. Obyvatelé Malty doufali, že se zřítí pouze oblouk a pilíř v moři zůstane, ale to se nestalo. Nádherné Azurové okno tak dnes můžeme obdivovat už jen na fotografiích a také ve filmu. Zahrálo si například ve filmech „Souboj Titánů“ (1981) nebo „Hrabě Monte Christo“ (2002) a v 1. řadě televizního seriálu HBO „Hra o trůny“.
Obdobný útvar u nás, 16 metrů vysoká pískovcová Pravčická brána u Hřenska, vznikla stejným způsobem asi před 66 miliony lety, koncem křídy v druhohorách. Když moře začalo ustupovat, zůstala „na suchu“, to ale neznamená, že nezvětrává a neztenčuje se. V současnosti nejmenší mocnost skalního oblouku činí jen 2,5 metru a šířka 8 metrů. Vstup na Pravčickou bránu je přísně zakázán od roku 1980, aby se předešlo jejímu dalšímu poškozování. Její zřícení se v nejbližší době ale nepředpokládá.
