Nejstarší písemná zpráva o obci se nachází v privilegiu papeže Řehoře X. z května 1273 pro klášter premonstrátů na Strahově. V latinské listině se potvrzuje majetek kláštera a mezi 34 vesnicemi jsou uvedeny též Nebušice spolu s nejbližšími Horoměřicemi, Sedlcem, Chabry, Kněževsí a Chýní. Dokument připomíná 300 let existence samostatného pražského biskupství, založeného roku 973 za vlády knížete Boleslava II. Papež Řehoř X. potvrdil existenci a majetky celé řady klášterů v Čechách, především pak jednotlivých klášterů premonstrátských. Kdy se přesně staly Nebušice majetkem strahovského kláštera se v písemném potvrzení zjistit nedá, pravděpodobně se tak stalo nedlouho po založení kláštera, které je písemně doloženo k roku 1143.
S různými peripetiemi byly Nebušice součástí strahovského panství až do roku 1848.
Od dob Karla se kolem Prahy pěstovalo víno
Středověké Nebušice byly hlavně sídlem vinařů, podobně jako například Dejvice. Dnes už tu vinice nepotkáte, jen některé viničné usedlosti v podobě pěkné či nepěkné lze spatřit dodnes. Šubrtka hned vedle lesa Hlásku ale není skoro vidět, Šedivka je obyčejným stavením, Ševčici skrývá svah. Pěkně upravená je Markyta, též Truhlářka, barokní jednopatrová budova s ozdobným štítem a zděnou lodžií po celé jižní frontě v konečné podobě z roku 1946. Poblíž je další usedlost, Gabrielka. Tady, v místě vinic, které odedávna patřily Strahovskému klášteru, založil opat Gabriel v 18. století viniční dům. Nebušická usedlost, která po něm získala jméno, se intenzivně věnovala vinařství, roku 1845 tu byla dokonce centrální výrobna klášterního vína. Usedlost si zachovala postavení mimo městskou zástavbu, stále k ní patří polnosti a je sídlem jezdeckého klubu Gabrielka, který ji udržuje ve slušném stavu.
A všechny ty Špendlikářky, Meskomynky, Mečířky, Rohovničky, Vizerky a Pachmanky vzala doba…
Dominantou Nebušic je římskokatolický kostel sv. Cyrila a Metoděje, postavený v letech 1885 až 1886. Jednolodní kostel v novorománském stylu byl vybaven soudobým vnitřním zařízením. Hlavní vchod do kostela je z jižní strany, západní straně vévodí věž o čtvercovém půdorysu se dvěma zvony. Hlavní oltář zdobí sousoší patronů tohoto kostela, u oltáře Panny Marie stojí křtitelnice z červeného mramoru. Varhany zhotovil v roce 1886 pražský varhanář Karel Schiffner. U kostela se nachází fara. Nebušická farnost vznikla po dokončení kostela v roce 1886 přenesením od kostelíka sv. Jana na Jenerálce.
V 19. století se Nebušice rozvinuly do podoby příměstské osady. V roce 1843 měly 57 domů a 571 obyvatel, roku 1890 už to bylo 158 domů a 1332 lidí, kteří zčásti pracovali v zemědělství, ale především ve dvou cihelnách, Baráčkově a Urbánkově (obě jsou na Jenerálce, na Urbánkově parcele vyrostlo teď nové sídlišťátko) a na pražských stavbách.
Známá byla též zdejší výrobna sýra.
Ochuzení Nebušic
V dobách, kdy se naše společnost změnila v socialistickou, tedy v roce 1960, bylo velké území Nebušic zabráno hlavním městem. Okolí Jenerálky bylo přičleněno k Dejvicím, mimo svoji obec se tak ocitla nejen Jenerálka, ale i Dubový mlýn, usedlosti Vizerka, Meliška, Zálužanka a Kuliška a Jehněčí dvůr, dnes sídlo archivu hlavního města.
K Praze byly umenšené Nebušice připojeny v roce 1968 jako součást městského obvodu Praha 6, přičemž zde nadále zůstal zachován místní národní výbor. V listopadu 1990 pak vznikla samosprávná městská část Praha-Nebušice.
Část Nebušic stále duchem připomíná poklidnou vesnici, zejména projdete-li se lesem zvaným Hlásek, který krom starých lomů pojal i hřbitov založený roku 1884. (Předtím byli Nebušičtí pohřbíváni na Jenerálce u svatého Jana v Trní.) Do Nebušic byli před rokem 1901 ukládáni i lidé ze Střešovic, když už jenerálský hřbitůvek nestačil. (Je neuvěřitelné, že dnes po něm není ani stopa.)
Je tu kaple v novorománském slohu jako opatská hrobka a po její levé i pravé straně je řádový hřbitov strahovských řeholníků řádu sv. Norberta. Významné hroby tu nejsou.
Od počátku 21. století probíhá rychlý rozvoj Nebušic, zejména v jejich východní částí (byť nová výstavba se začíná objevovat také i na okraji západním). Městská část tak zažívá podobný rozvoj jako některé obce kolem metropole (například Jesenice, Hostivice nebo Zeleneč), tj. výstavbou takzvaných satelitních měst (zde Malá Šárka).
V roce 1996 zde také byla otevřena International School of Prague.
