Žádosti bylo vyhověno na sjezdu představených kapucínského řádu v Pasově 18. května 1661 a do Kolína byli vysláni dva kapucínští bratři kolínský rodák Vojtěch Václav a Ladislav Perlenec. Záměr schválil v roce 1661 arcibiskup Arnošt Vojtěch z Harrachu a v roce 1662 i císař Leopold I.
Kapucíni se ubytovali nejdříve v malém domku na rohu dnešní Rubešovy ulice a věnovali se sbírce peněz na stavbu kláštera a klášterního kostela. A nebyla to práce marná. Na kostel přispěla zejména Eleonora Nosticová z Lobkovic, Zuzana Čábelická ze Soutic, Adam Schofmann z Hammerlesu na Konárovicích, Bedřich z Trauttmansdorfu a Václav Jiří Holický ze Šternberka na Radovesnicích. Dne 31. května 1664 byla sice uzavřena smlouva na zakoupení pozemků před Horskou bránou, ale jelikož zatím nebyl dostatečný obnos pro zahájení stavby, dne 13. října 1664 povolil arcibiskup Harrach zřídit v domku, kde bydleli mniši, provizorní kapli ke konání bohoslužeb.
Základní kámen k novostavbě konventu v raně barokním stylu byl položen až v roce 1666, podle projektu řádového stavitele P. Bruna z Českých Budějovic. Už rok nato, v zimě 1667 bylo jedno křídlo dokončeno a oba mniši se mohli do kláštera přestěhovat. Klášter stejně jako klášterní kostel Nejsvětější Trojice byl postupem času přestavován, nejdříve v letech 1739–41 a pak po požáru, který těžce celý areál poškodil v roce 1796.
Konvent tvoří jednopatrové budovy. Ve východním křídle je velký refektář, v jižním křídle je kuchyně a v prvním patře jsou cely mnichů. Celková podoba kláštera se plně podřizuje řádovým předpisům, vycházejícím ze vzorového projektu P. Antonia z Pordenone z roku 1603 a v souladu s pravidly kapucínské řehole tak má konvent i kostel velmi skromnou architektonickou dispozici a uměleckou výzdobu.
