Podle pražského dopravního podniku byla rekonstrukce stanice nezbytná kvůli masivním průsakům podzemní vody, degradaci odvodňovacích systémů a nosným systémům obkladů stanice. Během rekonstrukce byla vyměněna také elektroinstalace, rozhlas i osvětlení a některé materiály nevyhovující z hlediska požární bezpečnosti.
Práce ve stanici Jinonice ale ještě nekončí. Již za plného provozu tu budou probíhatdalší drobné stavební úpravy, práce na rozvodech a zařízeních ne nezbytně nutných pro provoz stanice s cestujícími a dokončení úprav konstrukcí stanice včetně odvodnění. Celkové náklady na rekonstrukci odhaduje Dopravní podnik na zhruba 145 milionů korun.
