Pod dnešní dlažbou a podlahami sklepů bývalé jezuitské koleje byly nalezeny pozůstatky níže zmiňovaného dominikánského kláštera sv. Klimenta, části středověkých domů i s pozůstatky jejich zázemí jako jsou pece, studny, jímky nebo dílny. Objeveno bylo také několik hřbitovů.
Zajímavostí je například unikátní objev fragmentu gotického reliéfu Krista modlícího se v Getsemanské zahradě. Ten pochází ze 13. století, kdy sem přichází řád dominikánů a zakládá zde konvent sv. Klimenta. V jižní části dnešního Klementina byly objeveny pozůstatky kláštera známého dosud pouze z písemných zdrojů. Nalézal se zde také stejnojmenný kostel sv. Klimenta, který s největší pravděpodobností stával v prostorách dnešního kostela Nejsvětějšího Salvátora.
Severně od něj byl odkryt středověký hřbitov, což dosvědčují kosterní nálezy. V západním křídle Klementina byla nalezena další raně středověká stavba. Pod podlahou sklepa se podařilo najít zeď vybudovanou kvádříkovou technikou typickou pro románské domy druhé poloviny 12. až 13. století. Ve stejné době byl pravděpodobně vybudován také zaniklý a dosud neprozkoumaný kostel sv. Martina.
Současný barokní areál Klementina má rozlohu dva hektary a jeho dnešní podobu spojujeme s příchodem jezuitů v roce 1556. Ti zde začali právě v místech bývalého dominikánského kláštera budovat komplex církevních a také školních budov. Z nejznámějších staveb můžeme zmínit astronomickou věž postavenou v roce 1722 a vysokou 68 metrů. Pracovali zde takové osobnosti jako Tycho de Brahe nebo Johannes Kepler.
Opomenout jistě nelze ani barokní knihovnu, která byla otevřena rovněž v roce 1722 a dnes je v ní uloženo 20 tisíc svazků. Hojně navštěvována turisty je i Zrcadlová kaple vysvěcená v roce 1726. Ta byla původně zasvěcena Zvěstování Panně Marii a její dnešní název Zrcadlová vznikl až po umístění množství zrcadel při výzdobě klenby a stěn. Po dlouhých sedmi letech Klementinum taktéž otevřelo svoji západní bránu, která ústí do Křižovnické ulice. Po celou tuto dobu byla brána uzavřena z důvodů rekonstrukce.
Pražské Klementinum je tedy pro nás díky sídlu Národní knihovny jak místem vzdělávání a vědomostí, tak i studnicí tisícileté historie.
