Za tuto svou nepřímou účast jí nacisté 24. října roku 1942 v 11 hodin a 12 minut popravili. Byla nejmladší popravenou ženou v Mauthausenu. Nyní radnice Prahy 8 kompletně zrenovovala její pamětní desku na budově ZŠ Bohumila Hrabala, kterou Jindřiška navštěvovala.
Když Jozef Gabčík a Jan Kubiš přijeli do Kirchmayerovy ulice v Holešovicích na kolech, pouze jednomu z nich se podařilo na kole i odjet. Druhé kolo zůstalo na místě a právě pro něj se mladé děvče vrátilo, po té co v její rodině našel úkryt jeden z parašutistů. Jindřiška odvedla kolo ke kamarádovi Mirkovi Piskáčkovi, který jej rozebral a rozřezal. Všimly si toho však místní ženy. Gestapo následně shromáždilo dívky z Libně a Vysočan, včetně Jindřišky. Svědkyně ji v tomto okamžiku neidentifikovaly. Nicméně nakonec po prozrazení kontaktů uvázla v síti a skončila v Mauthausenu.
„Jindřišky hrdinství i následnou statečnost při výsleších gestapem si lze vůbec těžko představit. Stejně tak jako u mnohých dalších. Proto na své hrdiny nesmíme zapomínat. Nejen v našich myslích, ale i na místech, která jsou jejich připomínkou,“ vysvětlil starosta Ondřej Gros péči o pamětní desky a památníky v Praze 8.
Jindřišce Novákové byla odhalena 4. září 2014, symbolicky v den svátku všech Jindřišek, pamětní deska na budově ZŠ Bohumila Hrabala v Zenklově ulici v Praze 8 – Libni.
Nápis na desce říká:
Jindřiška Nováková, *6.5.1928 Podmokly, †24.10.1942 Mauthausen. Navštěvovala tuto školu v letech 1938–1942. Byla popravena za pomoc členům skupiny Anthropoid při vykonání atentátu na zastupujícím říšském protektorovi Reinhardu Heydrichovi. Nezapomeneme.
Bohužel se na pamětní desce podepsal nejen čas, ale také vandalismus hlupáků, proto radnice Prahy 8 během září desku kompletně zrenovovala. Šlo o očištění desky od původních nátěrů a nečistot, nanesení nového grafitového nátěru, přezlacení nápisů, kašérské práce na desce a nápisu, patinování a grafická úprava fotografie Jindřišky Novákové.
