Byl to prý člověk nekonvenčních názorů, upřímný a bezelstný. Velmi ironicky kritizoval společnost, a proto neměl všude zrovna otevřené dveře. Kvůli svým názorům často pohněval i své kolegy. Od mládí byl velmi psychicky labilní, což sám přiznává, a také senzitivní. V noci prý často vídal duchy, což pro jeho křehčí povahu bylo spíše na škodu. V roce 1902 ho jeho otec zavedl do několika spiritistických společností. To mu velice pomohlo, protože porazil svůj strach z neznámého a svá vidění začal považovat za zcela normální. Vstoupil také do Teozofické společnosti, kde poznal mnoho přátel. Ve sklepním ateliéru sochaře Šalouna, jehož stěny byly natřeny volskou krví na rudo, navštěvoval tajemné seance. Váchal trpěl občasným zeslabením nervů, často se proto stával medijním, takže posléze tvořil i medijní obrazy. Váchal si rovněž prošel hrůzami 1. světové války, kdy byl mobilizován a zúčastnil se sedmi krvavých bitev na řece Soči.
Jeho vášní byl okultismus, o který se velmi horlivě zajímal a též ho i praktikoval. To velice ovlivnilo jeho uměleckou tvorbu. Proslul také výrobou vlastních knih, které nejen psal, ale rovněž sám sázel vlastnoručně vyrobeným písmem. Jeho přítelem byl známý prvorepublikový mystik a spisovatel Karel Weinfurter, který mu velice pomohl i v pracovním životě. Ve svém deníku Váchal vzpomíná, že mu Weinfurter věnoval například plátno i s rámem, aby mohl malovat.
Po Josefu Váchalovi se dochovalo přibližně dva tisíce dřevorytů a více než sto knih osobně tištěných a vyzdobených. Protože si velmi věřil a byl přesvědčen o kvalitě svého umění, bylo pro něj velice těžké, že býval nedoceněn a přehlížen.
Své stáří se rozhodl trávit v soukromí a v roce 1940 se přestěhoval na statek své družky Anny Mackové do Studeňan u Jičína, kde chtěl dále v ústraní tvořit. Napsal zde řadu rukopisných románů.
Veřejnost se o tomto géniovi dozvěděla až v roce 1966 na výstavě Česká secese – umění 1900 v Hluboké nad Vltavou. Tam jeho díla vzbudila velkou pozornost a již o rok později uspořádala Galerie hlavního města Prahy výbor z Váchalovy celoživotní tvorby.
V roce 1969, několik měsíců před svou smrtí, se dočkal i titulu Zasloužilý umělec. Tento titul však přijal s typickým úšklebkem. Zemřel ve věku 85 let ve Studeňanech 10. května 1969, týden po odchodu své družky. Pochován je na hřbitově v Radimi.
Mezi jeho nejznámější díla patří kniha Krvavý román a ilustrace k Demlovu Hradu smrti. Za návštěvu určitě stojí muzeum Josefa Váchala v Litomyšli, otevřené v roce 1993 v domě, který si od Josefa Váchala nechal vymalovat milovník umění Josef Portman.
