Jejich syn se narodil 21. května 1874 v přízemí domu č. 14 v Žitné ulici, ve stejném domě jako bydlel Antonín Dvořák. Mladý Josef hrál na trubku a chtěl jít na konzervatoř, Dvořák mu dokonce napsal doporučení. Nejvíc času ale trávil u mladého malíře Jaroslava Věšína (1860, ve Vraném na Slánsku – 1915 v Sofii), později bulharského dvorního malíře, který bydlel v podnájmu o dvě patra výš. Vydržel stát za jeho zády dlouhý čas a tu a tam si směl i „zamalovat“.
V letech 1889-96 studoval Josef Mařatka na Uměleckoprůmyslové škole u Celdy Kloučka, následně pak, do roku 1899, u Josefa Václava Myslbeka (1848 v Praze – 1922 tamtéž), se kterým přešel do nově zřízeného ateliéru sochařství na Akademii výtvarných umění.
Mařatku si musel oblíbit každý, protože byl mírné povahy a nesmírně pilný, takže mu kolegové jinak neřekli než „kuře“.
V roce 1900 si Mařatka plastikou „Ledaři na Vltavě“ vysloužil 400 zlatých z Hlávkovy nadace stipendia do Paříže a ještě téhož roku se tam s malířem Aloisem Kalvodou vydali.
Mařatkovým cílem byl ateliér slavného sochaře Auguste Rodina (1840 v Paříži – 1917 ve francouzském Meudonu), ale než se do jeho ateliéru dostal (s přímluvou malíře Jana Dědiny), nějaký čas to trvalo. Rodin měl bystrý zrak a dobrácké srdce, oblíbil si Mařatku a on u něj strávil tři roky.
Mařatka hned napřesrok mistra přesvědčil, aby své dílo ukázal Praze. V roce 1901 Alfons Mucha, Zdenka Braunerová a Mařatka provázeli Rodina po Praze a jižní Moravě.
Mařatkův styl Rodin silně poznamenal a dlouho v jeho „stínu“ tvořil.
Nebyl to ale jediný jeho velký vzor. Po pěti letech přivedl Mařatka do Prahy i sochaře Antoine Bourdella (1861, Montauban – 1929, Le Vésinet, obojí Francie), který ho vzrušoval svým přepětím energie a pohybu v plastikách.
Brzo po návratu domů začal „básník tvaru“ spolupracovat se sochařem Stanislavem Suchardou (1866 v Nové Pace – 1916 v Bubenči) a architektem Aloisem Dryákem na Palackého pomníku pod Emauzy. Bronzové mytické výjevy pocházejí z jeho dílny.
Pomáhal také sochaři Ladislavu Šalounovi (1870 v Praze – 1946 tamtéž) v malých modelech na pomníku Jana Husa na Staroměstském náměstí. V roce 1906 po smrti Dvořáka vytvořil pro Národní divadlo jeho bystu a po dvou letech jej do Paříže zavolal Rodin a pověřil ho prací na nerealizovaném pomníku letce Santose Dumonta pro Buenos Aires. Souběžně portrétoval Antonína Slavíčka s chotí – ostatně Mařatkova busta je na Slavíčkově náhrobku na Olšanech.
Mařatkovy plastiky jsou na nové pražské radnici (1911-13, sousoší Vytrvalost a Síla, nadživotní postavy Skromnost a Ušlechtilost), po válce navazoval na myslbekovskou tradici monumentálního sochařství, ve 20. letech se vyrovnával i s tendencemi sociálního a neoklasicistního umění a vytvořil některé plastiky pro fasády veřejných budov, na ministerstvo dopravy a přes řeku na dělnickou pojišťovnu, dnes radnici Prahy 7.
V letech 1921-26 vytvořil celkem třináct portrétů a pomníků prezidenta T.G. Masaryka.
Je autorem figur na pomníku Praha svým vítězným synům na Náměstí Pod Emauzy v Praze.
Mařatka měl ateliér na Letné v ulici plné výtvarníků, Na Výšinách 12, bydlel za rohem v Korunovační 9. V roce 1933 se stěhoval do vlastního, když mu architekt Pavel Janák vyprojektoval na pomezí Břevnova a Střešovic vilu v ulici U páté baterie 40.
Zemřel 20. dubna 1937 v Praze, pochován je na Olšanech.
Jeho synem byl lékař, internista a gastroenterolog, profesor Zdeněk Mařatka (1914 v Praze – 2010 tamtéž) a vnukem hudební skladatel žijící ve Francii, Kryštof Mařatka (*1972 v Praze).
Zdroj: Pražský Pantheon, Wikipedie