Narodil se v roce 1835, v Cítolibech na Lounsku. Základní vzdělání, včetně zdokonalení v němčině, získal v Lovosicích. Gymnázium vystudoval o pár kilometrů dále, v nedalekých Litoměřicích. Následovalo vysokoškolské studium na pražské technice, obor stavitelství a studia završil Akademií výtvarných umění ve Vídni. Všude studoval s výbornými výsledky a profesoři si ho nemohli vynachválit. Zřejmě se opravdu zajímal jen o svůj obor a tak mu pod vedením profesora Schmidta svěřili podíl práce na rekonstrukci vídeňského dómu sv. Štěpána. U Mockera na prvním místě byla vždy odbornost, a protože do své práce netahal žádný český nacionalismus, rakouské úřady to uměly ocenit.
Jeho dílo obsahuje desítky a desítky staveb a není zde prostor je všechny vyjmenovat. Zůstaneme u těch, které nám padnou do oka dodnes. V roce 1869 se vrátil do Čech, přesněji do Děčína, kde pracoval ve stavební kanceláři, hraběte Františka Antonína Thuna. Pan hrabě věděl velmi dobře, koho má ve svých službách a když roku 1871 zemřel Mockerův předchůdce Josef Kranner, stal se stavitelem svatovítské huti Mocker a začal pracovat na svém životním díle, dostavbě svatovítské katedrály. Rozmáchl se skutečně zeširoka, a několik prvních návrhů bylo zamítnuto.
Pan Mocker byl pedant. Rozebíral a kreslil každý detail, nechával skladovat sebemenší stavební prvek. Dokonalá dokumentace, do poslední cihly či kamene, zachránila velké množství památek, které již byly v havarijním stavu. Tomuto přístupu ke stavbám se v devatenáctém století říkalo purismus. Návrat k co nejpůvodnější podobě stavby, při její dostavbě či rekonstrukci. Nebylo to vždy nejšťastnější řešení. Purismu se klade za vinu, že díky jemu z některých staveb začaly mizet renesanční a barokní prvky, pokud byla snaha o čistotu původní stavby skutečně přehnaná.
Stejně jako Petr Parléř a mnozí další, tak i Josef Mocker se nedočkal dostavby svatovítské katedrály. Zemřel 16. 1. 1899 a ještě potrvá předlouhých třicet let, než se jeho sen splní. Ne v původní podobě, a je to jistě dobře, aspoň s pohledu současníka. Hlavní věž se nezměnila v gotickou, tak jak plánoval Mocker, ale byla ponechána v barokní podobě. Staroměstská mostecká věž, Malostranská mostecká věž. Prašná brána, Staronová synagoga, Karolinum, Jindřišská věž…. Ne, nelze zde vyjmenovat všechny pražské či mimopražské stavby, na jejíž zachování se Mocker podílel. Z těch mimopražských například Karlštejn. Josef Mocker zanechal na pražských památkách, kterými se v dnešní době pyšníme, nesmazatelnou stopu.
