Suharto se narodil ještě v době nizozemské koloniální éry 8. června 1921 v Nizozemské východní Indii v bambusovém domě ve vesničce Kemusuk. Vyrostl ve skromných podmínkách s pěstounskými rodiči, protože jeho jávští muslimští rodiče se rozvedli krátce po jeho narození. Během japonské okupace Indonésie sloužil Suharto v indonéských bezpečnostních silách organizovaných Japonci, a když Indonésie v roce 1945 získala nezávislost, přešel do indonéské armády, kde dosáhl hodnosti generálmajora.
V čele Indonésie stanul po převratu, k němuž došlo v noci z 30. září na 1. října 1965 a který podle oficiální historie provedly armádní jednotky pod Suhartovým vedením za podpory Komunistické strana Indonésie (PKI). Této noci bylo zabito šest předních indonéských armádních generálů a jejich těla hozena do studny. Ti, co je zavraždili, následujícího rána oznámili, že se nová revoluční rada chopila moci a nazvala se „hnutím 30. září“. A protože byla většina vedoucích představitelů armády mrtvá nebo pohřešovaná, kontrolu nad armádou převzal generál Suharto a 2. října převrat ukončil. Armáda potom rychle obvinila PKI za pokus o převrat a zahájila protikomunistickou propagandistickou kampaň v celé Indonésii.
Důkazy spojující PKI s atentáty generálů nebyly průkazné, což vede ke spekulacím, že zapojení komunistů do převratu bylo velmi omezené nebo že Suharto vše nastrojil tak, aby na komunisty převrat svedl a mohl je potom začít likvidovat. Za oběť této čistce podle odhadů padlo 500 000 komunistů a těch, kteří byli z příslušnosti k PKI jen podezříváni. CIA potom označila toto pronásledování komunistů za „jednu z nejhorších masových vražd 20. století“. V roce 1967 byl Suharto jmenován úřadujícím prezidentem a následující rok jím byl řádně zvolen. Tím si upevnil svůj vliv na armádu a vládu.
Mezi „stinné stránky“ jeho vlády, která trvala až do roku 1998, patří útok, podporovaný USA a Austrálií, na Východní Timor, území, které si Indonésie neměla právo nárokovat, a přesto jej v roce 1976 označila za svou 27. provincii a útlak a diskriminace Východních Timořanů, které mezi lety 1975 a 1978 dorostly do rozměrů genocidy. Indonéská armáda při invazi do Východního Timoru neuznávala základní lidská práva obyvatel okupovaného území, které po prvotním úderu zkolabovalo hospodářsky a začaly v něm propukat hladomory. Celkem během indonéské okupace trvající de facto až do roku 2002 zemřelo přes 200 000 obyvatel Východního Timoru.
Suharto rovněž spustil sociální kampaň známou jako „de-sukarnoizace“, aby snížil vliv bývalého prezidenta Sukarna, představitele „starého řádu“. Jako prezident měl Suharto velkou podporu během 70. a 80. let, v devadesátých letech se však jeho autoritářství, rozšíření korupce a asijská finanční krize z roku 1997 staly zdrojem celonárodní nespokojenosti, které přerostly ve velké nepokoje a Suharto musel v květnu 1998 rezignovat. Zemřel 27. ledna 2008 a byl mu vystrojen státní pohřeb.
Podle svého „nového řádu” administrace Suharto postavil silnou, centralizovanou a vojenskou vládu. Schopnost udržet stabilitu v rozlehlé a různorodé Indonésií a nadšeně protikomunistický postoj Suhartovi během studené války získaly ekonomickou a diplomatickou podporu Západu. V důsledku toho Indonésie v té době zažila významný vzestup industrializace, ekonomický růst a zlepšenou úroveň vzdělání.
I dnes se v Indonésii o Suhartovi intenzivně diskutuje a vláda zvažuje udělit Suhartovi status národního hrdiny. Naopak podle prohlášení Transparency International byl Suharto nejzkorumpovanějším vůdcem moderní historie, když během své vlády zpronevěřil údajně 15 – 35 miliard dolarů.
