Strohý popis celé události je výmluvný až dost. Před smrtí byly některé oběti znásilněny, bity, mučeny nebo pobodány a těla některých povražděných byla vojáky zohavena. Jednalo se o největší známý válečný zločin amerických vojsk v době války ve Vietnamu. Spolu s masakrem v No Gun Ri v Korejské válce o osmnáct let dříve je masakr civilistů v Mỹ Lai je jedním z největších provedených americkými silami ve 20. století. Kde se v amerických vojácích vzala taková krutost a bestialita?
Začátkem roku 1968, po neúspěchu ofenzivy Tet a v důsledku těžkých ztrát, Vietkong byl nucen přejít od taktiky otevřeného boje k partyzánské taktice kladení pastí a náhlých přepadů. Vojenská zpravodajská služba USA předpokládala, že osada Mỹ Lai, je opěrným bodem 48. praporu Vietkongu, který byl složený z nejlepších partyzánských jednotek. V boji proti nim Američané zavedli taktiku „Najdi a znič!“.
Kontrolu vesnice měla vykonat rota C (Charlie), která byla vytvořena v září 1967 a sestávala převážně z mladých, 18 a 19letých vojáků. Od začátku nasazení tato rota ztratila při hlídkách 28 mužů, z toho 5 mrtvých, od svého příjezdu před třemi měsíci měla ztrátu více než 40 mužů. Vojáci roty byli značně deprimovaní, neboť bojovali o holé přežití. Dva dny před incidentem byl minou nastraženou Vietkongem zabit seržant a dva vojáci vážně zraněni.
Tyto události měly značný vliv na vznik následujícího incidentu. Obyvatelstvo tyto léčky buď chystalo, nebo o nich vědělo a připouštělo, aby američtí vojáci byli mrzačeni. Po čem jiném pak mohli Američané toužit než po pomstě? Ve dne na hlídce možná potkají příslušníky Vietkongu, ale nepozná je, neboť jsou to rolníci, hodní, nevinní rozhazovači hnoje. V noci jsou to ale vrazi – a zatraceně schopní. Pod zbořenými a spálenými domky osady je vybudovaná složitá síť podzemních bunkrů, které nepřítel využívá.
V předvečer útoku instruoval velitel roty C, kapitán Ernest Medina, své muže tak, že všichni civilní obyvatelé z oblasti My Lai půjdou ráno na trh a každý, kdo ve vesnici zůstane, je pravděpodobně příslušníkem Vietkongu nebo jejich podporovatelem a má být proto zlikvidován. 1. četa roty C měla vniknout do vesnice, najít nepřítele a zničit ho. Další dvě roty pak měly oblast zajistit a v případě potřeby zajistit podporu. Oblast byla označena jako „zóna volné palby“, kde Američané mohli použít dělostřelecké a letecké údery i v oblasti osídlené civilním obyvatelstvem. Vzhledem k tomu, že se zóna nacházela v oblasti kontrolované nepřítelem, nemusely americké jednotky žádat o povolení k palbě.
Okolo osmé hodiny ráno 16. března 1968, po patnáctiminutové dělostřelecké přípravě, byli vojáci roty Charlie vysazeni z vrtulníků v blízkosti vesnice Mỹ Lai. Následně rychle postoupili do vesnice, kde se nesetkali s odporem. Místo toho, aby osadu zajistil, kapitán Ernest Medina nejprve nařídil 1. a 2. četě, aby zaútočily na vesnici, a 3. četě, aby zlikvidovala zbytky nepřátel. Velitel pěší čety William Calley na místě přikázal spustit na civilisty palbu. Tento rozkaz však někteří jeho vojáci neuposlechli. Další vojáci ale začali střílet a házet granáty po všech Vietnamcích, které zpozorovali. Mnohé civilisty povraždili na rýžových polích v okolí, mezi domy či přímo v domech. Mnoho obětí bylo před smrtí znásilněno nebo mučeno.
Proti počínání svých vojáků Calleyho nadřízený kapitán Ernest Medina nijak nezasáhl, naopak sám se přidal k vraždění. Američtí vojáci vraždili ve vesnici více než dvě hodiny, dokud do situace nezasáhl Warrant Officer (WO1) Hugh Thompson (v AČR tato hodnost nemá ekvivalent), jeden z pilotů průzkumných vrtulníků, které měly asistovat pěchotě. Ten si nejprve povšiml v okolí mnoha těl postřílených civilistů a rozhodl se prozkoumat situaci ve vesnici. Když pochopil, že pěšáci vraždí neozbrojené obyvatele, pokoušel se přivolat pomoc pro raněné a následně se snažil s pěšáky spojit pomocí rádia. Když viděl, že se pěšáci na zemi chystají zaútočit na skupinu civilistů ukrývajících se v jednom z bunkrů, přistál s vrtulníkem přímo před nimi a přikázal palubnímu střelci, aby nad jejich hlavami vystřelil několik varovných výstřelů. Dal tak pěšákům najevo, že pokud budou ve vraždění pokračovat, spustí na ně jeho střelci palbu. Americká armáda později z vesnice evakuovala 11 civilistů a zraněné děti.
Podle první zprávy hodnotilo velitelství amerických sil tuto akci jako úspěšnou vojenskou operaci, kdy bylo zneškodněno 128 nepřátelských vojáků a Američané hlásili ztráty 2 mrtvé a 10 raněných. Velitel 11. pěchotní brigády plukovník Henderson pak po rozhovoru s několika vojáky podal nadřízeným zprávu, že bylo zabito i 22 civilních osob. Po následném vyšetřování bylo zjištěno, že to bylo 347 civilistů, pozdější vyšetřování Vietnamců uvádí až 504 osob, z toho tři nebo čtyři příslušníky Vietkongu. Američané měli ve skutečnosti jen jednoho zraněného vojáka, který se sám střelil do nohy a prohlašoval, že to byla nehoda. V březnu roku 1970 bylo z masové vraždy obviněno 14 důstojníků, ale většina obvinění byla později zrušena. Jedním z obviněných zůstal velitel brigády, plukovník Henderson. Po desíti měsících byl v říjnu 1971 za vraždu a vydání rozkazu ke střelbě do civilistů odsouzen poručík Calley na doživotí. Dva dny po rozsudku dostal prezidentskou milost. Kapitán Medina byl zbaven obvinění.
Veřejnost se o celém incidentu dozvěděla až v listopadu 1969, zprávy o něm vyvolala světový ohlas a šok a vyburcovaly domácí americkou opozici k protestům proti zapojení Spojených států ve vietnamské válce a odhalily skrývání důkazů o vraždění nevinných civilistů. Zpočátku byli vyšetřováni i tři američtí vojáci, kteří se pokusili masakr zastavit a zachránit ukryté civilisty. Několik kongresmanů je nazvalo zrádci. Až po třiceti letech byly uznány jejich zásluhy a byli vyznamenáni (jeden posmrtně) americkou armádou za ochranu civilistů ve válečné zóně.
Šlo však přitom jen o jeden z případů z mnoha, kdy se Američané, jihovietnamská armáda a Vietkong během války dopustili násilí na civilním obyvatelstvu. Američané při bojových operací nebrali možné oběti z řad civilního obyvatel v potaz, protože stejně spolupracovali s partyzány. Pokud si Američané naklonili vesničany ke spolupráci, tak je Vietkong trestal ještě hrůznějším způsobem, než se stalo u Mỹ Lai. Když naopak vesničané spolupracovali s Vietkongem, vyřídila si to s nimi jihovietnamská armáda nebo Američané. I taková byla válka ve Vietnamu.