Narodil se 11. října 1830 v Praze v zámožné rodině. Studoval na pražské malířské akademii u Christiana Rubena. Roku 1851 podnikl studijní cestu do Německa a Belgie. Poté se pravidelně účastnil výstav Krasoumné jednoty. Malířství pěstoval jen jako zálibu.
Ač obrazy jeho neuchvacovaly jako díla prvého řádu, těšily se přece nemalé oblibě pro jemný cit pro kolorit a hlavně humor: v tomhle směru ho můžeme považovat za přímého předchůdce Vojty Bartoňka.
Počátkem osmdesátých let ho postihly finanční ztráty – v důsledku soudního sporu přišel o značnou část majetku zděděného po rodičích – což ho přinutilo malovat pro obživu.
Od roku 1882 do konce 80. let vytvořil stovky ilustrací, především pro časopis Světozor, k historickým románům a do knih pro mládež (K. V. Rais: Doma, Nová sbírka Slovanských pohádek a pověstí; Vítězslav Hálek: Písně slavíkovy; Alois Jirásek: V cizích službách: kus české anabase; Jakub Arbes: Kandidáti existence; Václav Beneš Třebízský: Z pověstí karlštejnského havrana; Henryk Sienkiewicz: Ohněm i mečem).
Vytvořil i několik vážných věcí, například oltářní obrazy ve Vřesovicích, Lochovicích a Husinci.
Úřední listiny nám o umělci říkají toto: podle matričního záznamu od Týna se Emilian Carolus Zillich narodil na Staré Městě v domě V Kolkovně 922/1. Policejní záznamy uvádějí, že Johann Zillich (1794 – 1854), jeho paní Marie (1804 – 1860) a pak syn bydleli od roku 1825 na adrese Staré Město, Kostečná 925/4. Tento dům pak obýval malíř i v roce 1865. V roce 1883 je Emil Zillich s Johanou roz. Karáskovou (1833 – 1884) a dcerou Emilií přihlášen na Smíchově, Elišky Peškové 323/1, po smrti choti žil v roce 1885 na Malé Straně, Na Opyši 147/1 a nakonec od roku 1894 na Novém Městě, Benátská 1714/1.
V roce 1889 se Zillich uchýlil ke své jediné dceři Emilii (provdané Martererové, *1865) do Přeštic.
Dlouhou dobu trpěl Zillich silnou neurózou a když se po smrti dcery na podzim roku 1894 do Prahy, bylo již patrno, že choroba je příliš vážná. Ač ještě neustále a neúnavně pracoval, polehával, chabnul a vůčihledě slábnul. V prosinci 1895 ulehl a už nevstal; 22. ledna 1896 o páté odpolední klidně skonal v pražské všeobecné nemocnici, kam jej přestěhovali na výslovné přání z domácnosti jeho přítele a žáka Voráčka, kdež se mu v osamělosti dostalo v posledním roce života láskyplného útulku. Z úmrtního záznamu víme, že trpěl zánětem střev, tuberkulózou i rakovinou. Pochován byl tiše na Olšanech.
