Na podzim roku 1182 německý císař Fridrich Barbarossa rozhodl, že Bedřich, syn českého knížete Vladislava II., zůstává knížetem v Čechách, zatímco Konrád II. Ota z vedlejší přemyslovské větve se stává markrabětem na Moravě. Bedřich však s tímto rozhodnutím nebyl spokojen a rád by Moravu znovu získal.
V létě roku 1185 proto vtrhlo české vojsko na Moravu a začalo ji dobývat a plenit. Moravané začali stavět svoje vojsko a do podzimu se sešikovali. K rozhodující bitvě došlo 23. listopadu 1185 u Loděnic na jižní Moravě a v jejich okolí. Zvítězilo v ní silnější české vojsko, které zahnalo Konrádovy oddíly na útěk. Čeští vojáci však byli tak vyčerpaní, že neměli ani pomyšlení na to, aby postupovali dále, a v dosti zuboženém stavu se vrátili do Čech. Střet skončil roku 1186 uzavřením míru na hradě Kníně. Bitva u Loděnice je považována za jednu z nejkrvavějších ve své době. Na bojišti zůstalo asi 3000 mrtvých českých vojáků, ztráty Konrádova vojska byly přibližně poloviční.
Knížeti Bedřichovi zůstala vláda v Čechách a Konrádovi II. Otovi na Moravě s tím, že se poddal českému knížeti výměnou za příslib nástupnictví na stolci českého knížete. K tomu také roku 1189 po smrti knížete Bedřicha došlo. Konrád II. Ota se stal českým knížetem a obě země, Čechy a Morava, se znovu sjednotily pod jedním vládcem. Tím bylo odvráceno nebezpečí, že se Čechy a Morava jako dvě samostatná území stanou snadnou kořistí pro sousedy, hlavně pro Svatou říši římskou.
I po bitvě u Loděnice zůstalo české knížectví nadále politicky závislé na Svaté říši římské a jejím císaři. Kníže Bedřich měl v té době spory ještě s jiným Přemyslovcem, pražským biskupem Břetislavem Jindřichem, a ten rovněž hledal zastání u německého císaře. A úspěšně. Fridrich Barbarossa se rozhodl a také prosadil, že pražský biskup nebude nadále podřízen českému knížeti, ale stává se knížetem Svaté říše římské a podléhá tak přímo římskému císaři. Navenek se spojenectví mezi německým a českým panovníkem znovu projevilo, když kníže Bedřich slíbil císaři, že se vypraví na křížovou výpravu a přijal roku 1188 kříž. Zahájení výpravy bylo stanoveno na Velikonoce roku 1189, kníže Bedřich se ho však nedožil a zemřel krátce před ním.
Moravský markrabě Konrád II. Ota zvelebil své panství tím, že nechal vyzdobit znojemskou rotundu portréty Přemyslovců a učinil z ní tak reprezentativní svatostánek. Poměry v zemi upevnil tím, že vyhlásil také tzv. Statuta Konráda Oty, zákoník, který zaručoval šlechtě dědičné právo na získané statky. Na českém trůně Konrád II. Ota dlouho nesetrval, zemřel již roku 1191 u Neapole na mor, když Fridricha Barbarossu doprovázel na jeho korunovační jízdě do Říma. Ale i poměry v českém knížectví stačil uspořádat tak, že i když zůstal bezdětný, jeho nástupcem se skutečně stal jím určený kandidát, Václav II., nejmladší syn knížete Soběslava II.
