V mládí Jan II. Portugalský, který si časem vysloužil přídomek „Dokonalý“ nebo „Přísný“, doprovázel svého otce Alfonse V., zvaného „Africký“, při africkém tažení, kdy došlo např. k dobytí Tangeru. Během tohoto tažení byl Jan pasován na rytíře a již roku 1477 ve svých 22 letech nastoupil na portugalský trůn poté, co se jeho otec vzdal vlády a stáhl do kláštera. Korunován však byl až po otcově smrti v roce 1481.
V té době došlo ke sporům mezi králem a šlechtou, která se obávala omezení svých pravomocí. Jan II. Portugalský to vyřešil tak, že ty šlechtice, kteří se proti němu spikli, nechal mučit, otrávit nebo popravit. Důvodem těchto sporů bylo i to, že Portugalsko tehdy stálo těsně před bankrotem. Jan II. Portugalský je zachránil tak, že provedl daňovou reformu, což není nikdy populární. K vylepšení hospodářské situace jeho království mu kromě toho pomohly i nemalé příjmy ze zámoří, především zlato z Guiney. Dobývání afrického pobřeží se tak pro něj stalo politickou a ekonomickou prioritou a jeho námořníci postupně objevují řeku Kongo, obeplouvají mys Dobré naděje, pokračují dál a dostanou se až do Etiopie a Indie. Nakonec Portugalsko své koloniální impérium zřizuje na všech třech dalších dosud známých kontinentech.
Dobré vztahy Portugalska se sousedním Španělskem byly utuženy roku 1490 svatbou jediného Janova syna Alfonse se španělskou princeznou Isabelou. Následující rok se však Alfons zabil při pádu z koně. Po této tragické události se Jan II. Portugalský cítil tak zdrcen, že se stáhl do ústraní a pobýval na vzdálených sídlech mimo hlavní město. Tělesně chřadl, a když se vypravil na podzim roku 1495 léčit k minerálním pramenům, cestou 25. října 1495 zemřel. Na španělský trůn nastoupil jeho bratranec (a švagr) Manuel z Viseu, a to jako Manuel I. Portugalský, zvaný též Šťastný nebo Veliký.
V době vlády Jana II. Portugalského byla 7. června 1494, tedy již dva roky po objevení Nového světa, na nátlak papeže Alexandra VI. (občanským jménem Rodrigo Borgia) podepsána tzv. smlouva z Tordesillas, tj. dohoda o „rozdělení světa“ mezi Španělsko a Portugalsko. Papež tím chtěl zabránit ozbrojenému střetu mezi dvěma tehdy předními katolickými námořními mocnostmi. Proto papež v bule Inter caetera (Kromě jiného) v květnu 1493 stanovil mezi portugalskými a španělskými državami dělicí severojižní linii ležící ve vzdálenosti 100 leguas (asi 480 km) západně od Kapverd s tím, že všechna území na západ od této linie, tj. Amerika, měla být vlastnictvím Španělska a všechna území na východ od ní, tj. Afrika a Asie, měla připadnout Portugalsku.
V následujících tvrdých jednáních se králi Janovi II. Portugalskému podařilo na úkor Španělska posunout tuto linii do vzdálenosti 370 španělských leguas (asi 1770 km) směrem na západ od Kapverd. Nová hraniční linie tak procházela i Jižní Amerikou a umožnila Portugalcům kolonizovat i část Brazílie ležící na východ od ní. Proto se také v celé Jižní Americe dnes mluví španělsky, ale v Brazílii portugalsky. Existuje dokonce domněnka, že Portugalci již při těchto jednáních věděli o existenci Brazílie, protože jinak by o posunutí dělící linie asi nejednali tak tvrdě.
Text smlouvy si ale i tak obě strany vykládaly podle svého. Sporným místem bylo již jen to, kde přesně leží ten bod, od kterého se odpočítává poloha dělící linie? Na západě nebo na východě Kapverdských ostrovů? Rozdíl činil nezanedbatelných 60 leguas, tj. asi 290 km. Kromě toho se španělská legua co do délky lišila od portugalské a ta existovala ještě stará a nová. V důsledku těchto nejasností došlo například ke sporu o Molucké ostrovy v Indonésii, odkud se dováželo koření, především muškát a hřebíček. Ostatní významné námořní mocnosti té doby, tj. Británie, Francie a Holandsko, smlouvu z Tordesillas neuznaly. Smlouva samotná byla i tak zrušena až roku 1750 ujednáním z Madridu. Již konsolidované portugalské ani španělské koloniální panství to už ovšem nijak neohrozilo.
