Narodil se 25. května 1849 v dnes již neexistujícím domě na rohu Žitné a Štěpánské ulice, na novém domě visí pamětní deska s reliéfem od sochaře Josefa Šejnosta.
Spolu s Mikolášem Alešem (1852 v Miroticích – 1913 na Vinohradech) vyhráli soutěž na výzdobu foyer Národního divadla a byl autorem první opony, která shořela v srpnu 1881. Zbyl jen objemný návrh, který Ženíšek vytvořil a ponechal na zámku v Litni, a i ten byl v roce 1994 ukraden.
Novou oponu už malíř tvořit nechtěl, úkolu se ujal Vojtěch Hynais (1854 ve Vídni – 1925 v Praze).
K dalším Ženíškovým význačným dílům patří malby oken karlínského kostela sv. Cyrila a Metoděje a lunety v Národním muzeu. Ženíškovy malby jsou ceněny pro svou vysokou technickou úroveň.
Byl i vyhledávaným portrétistou, který namaloval a nakreslil na 80 vynikajících portrétů.
Od 80. let 19. století jej podporoval jej Josef Šebestián Daubek (1842 v Poličce – 1922 v Litni), majitel velkostatku Liteň a Brněnec. Spolu s Ženíškem patřili do okruhu Daubkových hostů další přední umělci Aleš, Brožík, Hynais, Myslbek, Švabinský nebo architekt Wiehl, které Daubek podporoval zadáváním uměleckých zakázek.
Ženíšek se s Daubkem seznámil v roce 1878 v Paříži. Na pozvání Daubka na zámku v Litni a na zámku ve Vlencích nedaleko od Litně Ženíšek namaloval řadu svých historických obrazů, pro které mu Daubek stál i modelem (například pro Oldřicha na Ženíškově slavném obraze Oldřich a Božena). Josef Šebestián Daubek pokračoval v tradici podpory českých malířů, sochařů a architektů, kterou založil jeho otec Josef František Daubek po příchodu na zámek Liteň roku 1850.
V letech 1885 až 1896 byl František Ženíšek profesorem Vysoké školy uměleckoprůmyslové v Praze (jeho asistentem byl Jakub Schikaneder). V letech 1896 až 1915 byl profesorem na Akademii výtvarných umění v Bubenči. Za svého pedagogického působení vychoval celou řadu žáků, mezi nimi Jan Preislera, Jana Dědinu, Arnošta Hofbauera nebo svého syna Františka.
František Ženíšek se poprvé oženil v říjnu 1873 v kostele sv. Mikuláše ve Vršovicích s Marií Otradovcovou z Petrovic (součást Miličína). Z tohoto manželství se narodil syn Julius (*1870). Roku 1876 František ovdověl a za dva roky se oženil podruhé. Za ženu si vzal sestru své zemřelé ženy Barboru Otradovcovou (1856 – 1910) a měl s ní tři dcery (Božena, Barbora a Ludmila) a dva syny Františka (1877 ve Vídni – 1935 v Praze) a Karla (*1879). Syn František Ženíšek mladší vystudoval pražskou akademii a stal se také malířem a vyhledávaným restaurátorem.
Julius i Karel byli obchodníky.
František Ženíšek se často stěhoval, s rokem 1873 nalezl jsem u něj byt v Balbínově 6 na Vinohradech, v roce 1888 to byla Zborovská 64, r. 1893 vedlejší Zborovská 66, pak už to byly jen letenské adresy – na Akademii to měl pár kroků – roku 1903 Čechova 8, 1905 – Čechova 5, 1907 – Nad (Rudolfovou) štolou 12, 1909 – Letenské náměstí 4, 1912 – Šmeralova 13 a konečně Šmeralova 28, kde Ženíšek 15. listopadu 1916 zemřel na selhání srdce.
Otec a syn Františkové a Barbora Ženíšková jsou pochováni na Olšanských hřbitovech (hřbitov IV, odd. 4, hrob 17). Na rov byla v roce 1936 osazena mistrova busta od Ladislava Kofránka. Žel při mé nedávné návštěvě jsem ji nenalezl, ale byla-li zcizena, nevím s jistotou.
Zdroj: Wikipedie