Johánek z Pomuku zajisté netušil, co způsobí jeho smrt budoucím generacím. Kolik sporů a hádek vyvolá. Symbol neotřesitelné katolické víry pro jedny, pro druhé symbol pokoření a snahy vytlačit z paměti lidí vzpomínku na Husovu hranici. Jak to tedy vlastně bylo? Historie není černobílá.
Generální vikář se stal obětí výbuchu vzteku českého krále Václava IV. To se stalo 20. března roku 1393. Nebyl urozený, a tak se králův hněv obrátil hlavně a především proti němu. Zmařil totiž intriku namířenou proti kladrubskému opatství. Ale nepředbíhejme. Bylo to jen vyvrcholení dlouhodobého sporu mezi králem a arcibiskupem, kdy si oba pánové dělali vzájemně naschvály. Měli k tomu dost příležitostí.
Zkrátka a dobře, arcibiskup Jan z Jenštejna dal do klatby litomyšlského biskupa Jana Soběslava, protože nebyl dostatečně loajální k papeži v Římě, ale v Avignonu. Dát do klatby králova bratrance, to chtělo dost odvahy. Králova odpověď na sebe nedala dlouho čekat a nakonec vše skončilo odvoláním arcibiskupa z funkce kancléře. Zůstával však dál arcibiskupem, tady král dělat víc nemohl. Tím však spory neutichly. Nakonec král vymyslel lest, jak umenšit moc arcibiskupa. Vytvořit nové biskupství, jakmile zemře stařičký kladrubský opat. Klášter zrušit a nové biskupství přičlenit pod králův majetek.
Arcibiskup byl však o této intrice včas informovaný, a jakmile stařičký opat zemřel, nechal ihned zvolit jiného a Johánek z Pomuku tuto volbu potvrdil. Tím si však podepsal rozsudek smrti. Král dost dobře nemohl dát mučit arcibiskupa. Smlsl si však na některých jeho služebnících a nejvíce na jeho vikáři. Osobně se dokonce zapojil do jejich výslechů a mučení, což k jeho pověsti příliš nepřispívá. Johánek na následky mučení a mnoha ran, zvláště do hlavy, zemřel. Jeho mrtvolu shodili královi zbrojnoši téhož večera do Vltavy.
Tělo mučedníka pak nalezli o měsíc později asi kilometr po proudu na pravém břehu řeky rybáři a předali ho cyriakům v Dušní ulici.
Legenda vznikla velmi záhy. Již v polovině 15. století se objevilo tvrzení, že Johánek z Pomuka odmítl prozradit králi zpovědní tajemství jeho ženy královny Žofie. Tato domněnka se záhy stala nevykořenitelnou. Nepřímo ji potvrdila exhumace těla v roce 1719, kdy z lebky vypadla jakási hmota, která před zraky lidí zčervenala. Neporušený jazyk. A zázrak byl na světě. Podstatnou měrou pomohl k svatořečení 19. 3. 1729. Na jeho svatosti již nezměnil nic ani fakt, když moderní antropologický průzkum zjistil, že ona hmota není jazyk, nýbrž část mozku. Na tom ale již nezáleží. Svatý Jan Nepomucký již tehdy definitivně patřil mezi české svaté.
