Sluneční skvrny byly odjakživa něco nepatřičného, byl to kaz na tváři toho nejdokonalejšího nebeského tělesa. Čínské kroniky zaznamenávají tyto skvrny již v osmém století před naším letopočtem. V Evropě, která byla pod vlivem či spíše v zajetí učení Aristotela, o neměnnosti nebeských těles, se o tomto úkazu ani neuvažovalo. Existuje sice záznam z roku 1197, o pozorování slunečních skvrn, Johnem z Worcesteru, ale jedna vlaštovka jaro nedělá. Sluneční skvrnu zřejmě pozoroval i Kepler v Praze, roku 1607. Domníval se však, že vidí přechod planety Merkur přes sluneční disk.
Situace se změnila o rok později, s vynálezem dalekohledu. Objev slunečních skvrn na sebe nedal dlouho čekat, a o prvenství se začali přetahovat astronomové Galileo a Christopher Scheiner. Zatímco si vyměňovali korespondenci, učinil jistý německý astronom, Johannes Fabricius to nejlepší, co mohl. Svoje pozorování z března 1611 publikoval. Nutno říci, že měl při svém pozorování velké štěstí, že nepřišel o zrak, protože se díval do slunce bez jakékoliv ochranné clony.
Problém spočíval v konstrukci prvních dalekohledů, kde objektiv tvořila spojná čočka a okulár rozptylka. Zde obě ohniska splývají a obraz slunce nelze promítat, například na bílou zeď či kus papíru. Teprve po zdokonalení samotným Keplerem, který rozptylku nahradil spojnou čočkou, byla tato potíž odstraněna. Obraz byl sice převrácený, ale to u pozorování oblohy nijak nevadilo. Církev sice dštila oheň a síru, nicméně dokonalé boží dílo bylo ušpiněno.
Odkud se vlastně berou tyto skvrny? Jsou to chladnější místa ve fotosféře slunce. Vše je ale relativní. Pokud bychom mohli hledět na sluneční skvrnu samostatně, zářila by stejně oslnivě, jako ten výše zmíněný, elektrický oblouk. Se svojí teplotou přes 4000 °C je však ještě o téměř 2000 °C chladnější než okolí, a tak zkrátka vidíme tmavé, chladné místo.
Ve větší vzdálenosti od jádra naší hvězdy, se už energie nepřenáší zářením, ale jakousi cirkulací žhavé plazmy. Vystoupí k povrchu, vyzáří energii a vrací se zpět. Toto promíchávání můžeme sledovat třeba na skleněné, rychlovarné konvici, kde můžeme pozorovat proudy horké vody, stoupající od spirály vzhůru. Ani naše Slunce však není dokonalé. Pokud se toto proudění naruší, například extrémně silným, magnetickým polem, vznikne chladnější útvar, jakási gigantická prohlubeň, která svojí plochou může pohltit i desítky Zemí.
