Prvním střetem, který bychom s trochou nadsázky mohli označit jako „Masaryk vs Češi“ byl boj o rukopisy. Tzv. Rukopisy Královedvorský a Zelenohorský jsou z hlediska moderní historiografie jedním z největších padělků v českých dějinách. Oba dokumenty, dle dobového mínění, objevené v letech 1817-18 , se snažily svým vzhledem, jazykovou úrovní atd. vzbudit ve čtenáři dojem, že se jedná o staročeské památky z 9. – 13. století. Za jejich „nalezením“ a především sepsáním stáli nejspíše jazykovědci Josef Linda a Václav Hanka.
Ani jeden z nich se k tomu ovšem nikdy nepřiznal a oba toto podezření odmítali. Oba pány – a patrně i další komplice – k vytvoření falešné památky vedla potřeba dokázat starobylost a rovnoprávnost českého jazyka s ostatními evropskými jazyky, především s němčinou. Čechům chyběla skutečně významná a národotvorná literární památka, která by mohla být postavena na roveň např. německé písni o Nibelunzích.
Páni vlastenci tak vytvořili falzum nebývalé kvality, které oklamalo většinu odborníků a získalo téměř mýtický význam pro konstituování českého národního povědomí. Nadšení, které „nález“ provázelo, se přelilo v nekritický obdiv a adoraci Rukopisů. V dobové atmosféře bylo zcela nemožné zpochybnit jejich pravost, aniž by se člověk nedočkal obvinění ze zrady na národu.
Za počátek sporu o Rukopisy je možné označit vystoupení Josefa Dobrovského, který již roku 1824 označil Rukopis zelenohorský za padělek a za jeho autora označil Václava Hanku. Proti Dobrovského názorům však vystoupila nová generace, jejíž názory reprezentoval Pavel Josef Šafařík a především pak františek palacký, kteří tato díla považovali za pravá. Dobrovského názor se ocitl prakticky osamocený, Rukopisy byly považovány za pravé a na české scéně se o jejich pravosti nějakou dobu přestalo pochybovat. V roce 1852 pak proti Rukopisům vystoupil Václav Bolemír Nebeský a dva roky poté i archeolog Jan Erazim Vocel. Tyto kritiky však často docházely spíše k názoru, že se jedná o dílo sepsané později a stejně jako Dobrovského kritika, nedošly obecného přijetí ani většího celospolečenského ohlasu.
V roce 1879 vyjádřil svůj názor na pravost rukopisů Antonín Vašek (lingvista a národní buditel; otec Petra Bezruče) ve své práci „Filologický důkaz, že Rukopis Královédvorský a Zelenohorský, též zlomek evangelia sv. Jana jsou podvržená díla Václava Hanky“, Na jeho práci bezprostředně poté navázal jeden z nejvýznamnějších českých filologů– Jan Gebauer. Právě tou dobou se do sporu aktivně zapojuje profesor Masaryk, který začal roku 1882 působit na Karlově Univerzitě.
V únoru roku 1886 v časopise Athenaeum z jeho podnětu vyšel Gebauerův článek Potřeba dalších zkoušek rukopisu Královédvorského a Zelenohorského. Masaryk pak v březnu téhož roku proti Rukopisům vystoupil ze sociologického hlediska a rázem se stal čelní postavou v boji za prokázaní nepravosti zmíněných dokumentů. Masaryk stál proti takovým osobnostem, jakými byli politici Julius Grégr, František Ladislav Rieger, Alois Pravoslav Trojan, historik Václav Vladivoj Tomek, filologové Martin Hattala a Václav Flajšhans. Masaryk byl nařčen z protičeských postojů, rozvracení národní jednoty a znevažování českého národa a jeho památek.
Ačkoli byla nepravost Rukopis postupně potvrzena mnoha významnými odborníky v Čechách i v zahraničí, mnozí zastánci jejich autenticity se objevují i ve dvacátých a třicátých letech a dokonce ještě po druhé světové válce. K definitivnímu potvrzení nepravosti došlo až v letech 1967 a 1968, kdy byli Rukopisy podrobeny zevrubné analýze, která potvrdila jejich falešnost.
