Místo posledního odpočinku zde našlo více než 150 členů řádu a okolo padesáti dobrodinců.
Bratři byli pohřbíváni velice prostě ve svém řeholním oděvu přímo na holou zem, dobrodinci řádu pak v dřevěných rakvích zdobených ruční olejomalbou. Samotní kapucíni sice neměli konkrétní hroby, ale všechny zprávy o úmrtí byly pečlivě zaznamenávány.
Zajímavostí je, že do krypty byly přeneseny i ostatky mnichů pohřbených v kryptě prvního kláštera za tehdejšími hradbami Brna. Ostatky sem byly přeneseny při slavnostním procesí v roce 1656. V roce 1784 došlo, a to díky reformám Josefa II., k rušení mnoha řádů a církevních staveb.
Brněnští kapucíni se však nevzdali a otevřeli podzemí veřejnosti, aby tak podle jejich slov „dali návštěvníkům možnost dotknout se pomíjivosti“. Hlavní příčinou bylo to, že zde byl pohřben známý František baron Trenck, statečný i obávaný vůdce pandurů, voják ve službách arcivévodkyně Marie Terezie.
Trenck byl štědrým sponzorem kapucínského kláštera, a proto si zasloužil spočinout po boku místních kapucínů. Již v polovině 19. století byla proto hrobka vyhledávána návštěvníky, kteří si přáli vzdát čest slavnému vojevůdci.
V roce 1872 pak byly Trenckovy ostatky uloženy do nové cínové rakve, kterou ponechali v kapli pod kostelem. Zajímavostí je, že v době, kdy Trenckovo tělo odpočívalo v kryptě, palec jeho levé ruky byl již v roce 1876 vystaven na výstavce Jindřicha Trencka, který pak tuto výstavku věnoval Františkovu muzeu (dnešnímu Moravskému zemskému muzeu).
Po roce 1904 se jeho palec nacházel na Špilberku a vystaven zde byl až do 8. března 2017, kdy byl vrácen zpět k tělu. Nikdy se přitom nezjistilo, kdo prst od těla kdysi oddělil. Dnes se obávanému veliteli pandurů můžete podívat do tváře díky týmu z Ústavu antropologie Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity.
Další zajímavostí, kterou může v kryptě návštěvník vidět, je výstava Ars Moriendi, která nás zavede do 17. století, kdy v kryptě na pražských Hradčanech pracoval umělec, který vytvořil nástěnné olejomalby připomínající pomíjivost lidského bytí. Tyto malby byly objeveny v kryptě kostela Narození Páně teprve v roce 2011 a část výstavy, která proběhla v pražské Loretě roku 2012, může návštěvník vidět právě v Brně.
Kapucínská hrobka v Brně určitě stojí za návštěvu a jistě by ji neměl vynechat žádný zájemce o historii. Nezapomínejme však, že hrobka je také pietním místem a úcta k našim předkům by měla být samozřejmou věcí.
