A zároveň spletitým tak, že se předpokládá, že celý zřejmě nebude probádán nikdy. Nachází v CHKO Moravský kras v prostoru mezi propastí Macocha, obcemi Sloup a Holštejn a protékají jím tři aktivní toky – Bílá voda, Sloupský potok a Punkva, která vzniká jejich soutokem.
Na existenci podzemních prostor upozorňovala propadající se říčka Punkva. Pátrat po jejím toku ztraceném v podzemí se začátkem 20. století vydal Karel Absolon a postupně prozkoumal Sloupsko-šošůvské a Punkevní jeskyně a propast Macochu. Významný tok říčky Punkvy znamenal už při objevu Punkevních jeskyní předpoklad existence rozsáhlého jeskynního systému, který byl od té doby také aktivně hledán a následně zkoumán.
Tento systém jeskyní nakonec objevila amatérská speleologická skupina vedená Milanem Šlechtou. Když se ukázalo, že další postup po proudu aktivní vody z jeskyně označené 13 c není možný, začala skupina v roce 1968 prokopávat Cigánský závrt. Po několika měsících usilovné práce, dne 18. ledna 1969, dosáhli amatérští speleologové v hloubce 110 m aktivního toku Bílé vody a objevili 1,5 km chodeb, kterým se začalo říkat Amatérská jeskyně (dnes Stará amatérská jeskyně). 9. srpna téhož roku zahájili potápěčský průzkum sifonu na konci Povodňové chodby a 16. srpna za ním objevili prostory, nyní zvané Nová amatérská jeskyně.
Dne 29. srpna 1970 došlo k náhlé průtrži mračen a následně ke zvednutí hadiny průtokové vody. V té době se v Nové amatérské jeskyni nacházeli při mapování speleologové Milan Šlechta a Ing. Marko Zahradníček. Oba speleologové byli o silném zvýšení hladiny telefonicky informováni, ale domnívali se, že na vyvýšeném místě jsou v bezpečí a přečkají vzedmuté vody. Při domluvené relaci večer se však již neozvali a následující den byly zahájeny záchranné práce. Během nich se ukázalo, že oba speleologové zahynuli již prvního dne. Tato tragédie způsobila, že další průzkum podzemí byl dočasně zastaven a pokračoval až roku 1971, ale to ho prováděli už profesionální speleologové.
Roku 1973 byla z Pustého žlebu proražena štola, která znamenala bezpečný vstup do Nové amatérské jeskyně, která však zůstává veřejnosti nepřístupná stejně jako Stará amatérské jeskyně, a to z důvodu ochrany přírody. Vloni v říjnu však byla nakrátko zpřístupněna během Dnů otevřených dveří Amatérské jeskyně. O tom, že prohlídka nebyla úplně snadná, svědčí doporučené vybavení. Povinná byla přilba i cyklistická a silná svítilna, aby bylo možné si jeskyni prohlédnout. Vstup byl na vlastní nebezpečí a podepisovalo se i speciální prohlášení. S tímto vybavením pak návštěvníci mohli proniknout asi půl kilometru do hloubky jeskynního systému a pak se vrátit zpět.
