Ariánské pojetí křesťanství, již roku 325 Nikajským koncilem odsouzené jako heretické, směřovalo k představě Boha jako jedné bytosti. Toto pojetí bylo pro řadu věřících pochopitelnější, než představa Trojjediného Boha (Otec, Syn a Duch svatý), která se v křesťanství nakonec stala většinová. Dnes toto pojetí odmítají např. Svědkové Jehovovi nebo řada denominací vycházejících z letničního hnutí, obecně nazývané netrojiční křesťanské skupiny.
Císař po svém příklonu k ariánství začal pronásledovat ty, kteří ho v této víře nenásledovali, mezi nimi také Flaviána. A když zjistil, že se jako prefekt ujímá svých souvěrců, úřadu jej zbavil.
Ještě hůře bylo, když po Konstantinovi roku 360 n. l. na trůn nastoupil Julián Apostata (Odpadlík), který chtěl obrodit antickou společnost a uzákonit pohanství jako státní náboženství. Nechal propustit úředníky a vojáky vyznávající křesťanské náboženství, dosadil místo nich pohany a nechal jim volnou ruku, aby křesťany pronásledovali podle svého.
Flavia si jako křesťana předvolal nový prefekt Apronián a chtěl po něm, aby se zřekl Krista. Nato mu Flavián odpověděl, že je křesťan a křesťanem zůstane a považoval by za nejvyšší čest, kdyby mohl obětovat pro Ježíše Krista nejen své statky, nýbrž i svůj život. Apronián se rozhodl mu to umožnit, odsoudil ho ke ztrátě postavení privilegovaného občana a učinil z něj bezprávného otroka. A jako otrokovi mu také nechal žhavým železem na čelo vypálit příslušný obvyklý cejch. Domníval se, že takové ponížení bude pro Flavia horší než smrt. Flavián však snesl tuto bolest a potupu hrdě a s klidnou myslí a prohlásil, že toto pohanění pokládá za největší vyznamenání, jakého se mu kdy dostalo. Následně byl odsouzen k vyhnanství Aquapendente v Toskánsku, kde následkem útrap zřejmě roku 362 zemřel. Jeho svátek se podle starého kalendáře slavil 22. prosince.
Pronásledování neunikla ani jeho rodina. Flaviánova manželka Dafrosa i obě dcery, Bibiana (Viviana) a Demeterie byly uvězněny. Dafrosu dal prý prefekt Apronián 4. ledna 363 popravit mečem, zatímco pro její pohledné a zbožné dcery, které se navzájem posilovaly ve víře, přichystal horší osud.
Nejprve je nechal strádat hladem, čemuž Demeterie podlehla a zemřela 21. června 363. Odolnější Bibiánu potom prefekt začátkem prosince předal katovi. Ten se jí nejprve pokoušel připravit o to, čeho si nejvíce cenila, tedy o víru a mravní čistotu, a dal ji do područí pohanské ženy Rufiny. Bibiana však zůstávala ve své víře stále pevná, takže byla odsouzena k bičování. Podle jedné verze legendy byla ubičována k smrti, podle jiné ji po bičování jeden z biřiců probodl dýkou. Flavián, jeho manželka Dafroza a obě dcery byli později prohlášeni za svaté. Ostatky Dafrosy, Bibiány i Demetrie jsou dnes uloženy pod hlavním oltářem kostela Santa Bibiana v Římě.
