Slovník je velmi podrobný; hesla o několika desítkách stran nejsou výjimkou, hesla jako Jihoslované, Francie, Morava, Rakousko nebo Rusko mají i více než sto stran, Čechy dokonce přes pět set. Některá hesla byla v upravené podobě vydána i v samostatném knižním vydání, např. heslo o Františku Palackém, které zpracoval historik Josef Pekař.
Na počátku osmdesátých let 19. století začal český knihovník a nakladatel Jan Otto plánovat novou, obecně zaměřenou českou encyklopedii. Jeho plány byly pravděpodobně inspirovány první českou encyklopedií F. L. Riegera dnes známou jako Riegrův slovník naučný (14 dílů publikovaných v letech 1860 – 1874). Cílem projektu bylo prezentovat vysokou úroveň české společnosti a podpořit české národní obrození.
Hlavním editorem nového projektu Otto stanovil Jakuba Malého, který byl dříve jedním z editorů Riegerovy encyklopedie. Jakub Malý navrhoval nové dílo pojmenovat Česká národní encyklopedie. Po smrti Malého se stal hlavním editorem Tomáš G. Masaryk. Masaryk sám byl autorem textů z psychologie, sociologie, filozofie a logiky. Masaryk svou účast na projektu přerušil, když se začal veřejně angažovat ve sporu o pravost Zelenohorského a Královédvorského rukopisu, aby vydávání encyklopedie neohrozil. Otto dokázal sestavit nový tým z význačných techniků, teologů a dalších zástupců české vědy.
Pod názvem Ottův slovník naučný v letech 1888 – 1909 vyšlo 27 řádných svazků a jeden svazek doplňkový. Dle různých odhadů svazky obsahují 140 000 až 186 000 hesel na 27 789 stranách s 4 888 ilustracemi a 479 zvláštními přílohami. Redakce slovníku se skládala z 56 lidí a tvorby se účastnilo dalších 1 086 odborníků. Vedle „velké“ verze byly vydány i Malý Ottův slovník naučný (dva díly 1905–1906) a Ottův kapesní slovník naučný (1908).
V roce 1926 vydalo Nakladatelství J. Otto spol. s r.o. v Praze, Karlovo nám. 34, Ottův kapesní slovník naučný a doplňky, 1 813 stran kapesního formátu se 14 mapami a na 3 200 vyobrazení v textu.
Ottovo nakladatelství, vedené K. B. Mádlem (Ottův zeť), se k projektu vrátilo a v letech 1930 – 1934 vydávalo pod názvem Ottův slovník naučný nové doby – dodatky k Velikému Ottovu slovníku naučnému doplňky k prvnímu vydání. Tyto doplňky měly reflektovat nové vědecké poznatky a historický vývoj v době od prvního vydání. Většina hesel byla nových a jen malý podíl hesel původní encyklopedie byl revidován. Roku 1934 se Ottovo nakladatelství dostalo do finančních potíží a v práci pak pokračovalo nakladatelství Novina.
Původně bylo plánováno 8 dílů, každý o dvou svazcích. Poslední dva díly ale nikdy nevyšly, přestože byly k tisku připraveny. Roku 1943 byl projekt přerušen nacisty. Po válce, roku 1945, bylo vydání zbývajících dvou dílů zakázáno na popud Zdeňka Nejedlého. Důvodem měla být cenzura dílů vyšlých během nacistické okupace. Toto odůvodnění bylo často diskutováno. Podle českého historika Jana Havránka nacisté sice k cenzuře encyklopedie přistoupili, ale v mnohem menší míře, než se těsně po válce předpokládalo. Ironií osudu se text posledních dvou dílů zcela ztratil a hesla písmen ‚V‘ až ‚Z‘ už nikdy nevyšla. Posledním vydaným heslem se tak stal Užok.
Ottův slovník naučný nové doby dosáhl asi třetiny objemu původní encyklopedie. Obsahuje téměř 60 000 hesel ve 12 svazcích na 8 585 stranách.
Encyklopedie včetně dodatků byla znovu vydána v letech 1996 – 2003. Tištěná i digitální verze byly reprinty původního vydání, a zachovávají tedy jeho vzhled a uspořádání.
Jan Otto (1841 v Přibyslavi – 1916 v Praze) byl český knihkupec a nakladatel, se narodil jako nejstarší z pěti dětí v rodině vojenského ranhojiče. Janovi rodiče nemohli synovi platit studia, proto ukončil školní docházku ve 13 letech a odešel do Prahy, kde se vyučil kupcem. Jeho pozornost ovšem nejvíce upoutal knihtisk a v 21 letech získal zaměstnání v tiskárně bratří Grégrů, kde poté působil deset let jako účetní a disponent. Svou pílí, pracovitostí a roku 1869 také výhodným sňatkem s Miladou (*1848), dcerou zámožného pražského tiskaře, nakladatele a knihkupce Jaroslava Pospíšila, se postupně osamostatnil. V dubnu roku 1871 převzal Grégrův podnik na Václavském náměstí, kde úspěšně provozoval nakladatelství a knihkupectví.
Vydával knihy z nejrůznějších oborů – od nenáročné lidové četby (edice Matice lidu a Laciná národní knihovna) přes cestopisy a odborné publikace z nejrůznějších oborů, ale i časopisy (Zlatá Praha, Lumír, Ilustrovaný svět, Světozor, humoristický Paleček). Mezi známá díla, která vydal, patřil i Brehmův Život zvířat a rozsáhlý cyklus Čechy. V letech 1874 – 1884 provozoval Jan Otto i sortimentní knihkupectví. Z Václavského náměstí nejprve přesídlil v roce 1879 do Jungmannovy třídy, až nakonec roku 1883 získal vlastní dům U Žateckých na Karlově náměstí 534/34, kde dále rozvíjel svou činnost a jeho tiskárna se zařadila mezi nejúspěšnější v českých zemích. Bydlel nedaleko, ve výstavném nárožní dům na Karlově náměstí 257/14, než mu v letech 1910-11 postavil architekt Otakar Novotný vilu na Zbraslavi (Žitavského 500/135).
V roce 1899 Otto prodal svou tiskárnu České grafické společnosti a dále pokračoval pouze v práci nakladatelské. V témže roce otevřel filiální prodejnu svých knih v centru Vídně.
Kromě své vydavatelské práce byl aktivně činný také ve společenském životě. Byl členem mnoha spolků, např. Sokola, Umělecké besedy, První občanské záložny, Průmyslové jednoty, výboru pro stavbu Národního divadla, vedení Pojišťovny Praha a vedení Živnostenské banky. Působil též ve výkonném výboru Zemské jubilejní výstavy (1891) a výkonném výboru Národopisné výstavy (1895). V roce 1912 byl dokonce jmenován členem panské sněmovny. Obdržel řadu vyznamenání – např. rytíř řádu Františka Josefa (1891, za účast na zemské jubilejní výstavě) nebo zlatou medaili na Světové výstavě v Paříži (1900).
Ve svém rodném kraji podporoval Otto vzdělávací a osvětové spolky, probouzející se český národohospodářský život a nemalou měrou se zasloužil například o sbírku peněz a později i realizaci Žižkovy mohyly nedaleko Přibyslavi, připomínající úmrtí vojevůdce (odhalena byla roku 1874).
Připisuje se mu i nápad uspořádat finanční sbírku pro stavbu Národního divadla.
Jan Otto zemřel v Praze uprostřed první světové války, ale činný byl až téměř do své smrti.
Při impozantním pohřbu bylo jeho tělo pochováno na Vyšehradském hřbitově.
