Jezuité je proto nejdříve stěhovali hlouběji do vnitrozemí, a když se toto řešení ukázalo nedostatečné, podařilo se jim získat od španělského krále svolení k vytvoření vlastní armády (resp. milicí) složené z indiánů a vyzbrojené palnými zbraněmi. Drtivé porážky, které tato armáda otrokářům uštědřila v bitvách u Caazapá Guazú (1639) a na řece Mbororé (1641), pak otrokářské nájezdy ukončily.
Bitva na řece Mbororé, která se odehrála 11. března 1641, mezi indiány Guaraní žijícími v redukcích a bandeirantes, portugalskými průzkumníky a dobrodruhy se sídlem v São Paulo, představuje jednu z nejdůležitějších bitev vybojovaných v oblasti Jižní Ameriky v 17. století. Indiánské milice zorganizované jezuity z Guaraníů žijících v jezuitských redukcích v ní rozdrtily obrovskou výpravu portugalských otrokářů a ukončily tak období systematického plundrování redukcí a španělských pohraničních držav portugalskými obchodníky s lidmi. Zároveň se touto bitvou stabilizovala hranice mezi portugalskými a španělskými državami v oblasti.
Předehrou k ní byla velká výprava otrokářů ze Sao Paola čítající 450 holandských a portugalských mužů ozbrojených mušketami a 2700 lukostřelců indiánů Tupi, vedených Manuelem Piresem plujících na 700 kánoích do vnitrozemí. Jejich cílem bylo pobrat anebo zničit vše, co najdou podél řek Uruguay a Paraná a potrestat tak jezuity a indiány kmene Guaraní za jejich vzdor, zlomit sílu jezuitských redukcí a ulovit co možná nejvíc otroků.
Redukce však byly na tento nájezd připraveny. Jezuity a jejich indiány varovalo velké množství kánoí, které přinesla povodeň. Jezuité proto vyslali v ústrety nájezdníkům průzkumníky, kteří 25. a 26. února svedli s otrokáři několik menších průzkumných a zdržovacích šarvátek. Hlavní síly redukcí se poté shromáždily na řece Mboroné, kam ustoupil i zmíněný průzkumný oddíl. Zde se 11. března indiáni Guaraní z redukcí střetli s nepřítelem tak, že střelci redukcí zaútočili na kánoích na postupující flotilu otrokářů a lučištníci a prakovníci je podpořili z břehu. Zaskočení otrokáři byli rychle poraženi a přinuceni k ústupu. Kus po proudu pak vystoupili na břeh a v rychlosti vybudovali improvizovanou pevnost chráněnou palisádou.
Otrokáři přitom předpokládali, že vojsko z redukcí na ně v nedočkavosti hned zaútočí a oni je díky větší palebné síle a opevnění zmasakrují. Milice redukcí však na improvizovanou pevnost nezaútočily přímo, ale oblehly ji a spokojily se s jejím ostřelováním. Domorodí Tupíové si v pevnosti rychle uvědomili beznadějnost situace svých nemilovaných pánů, kterým docházely zásoby, a začali masově dezertovat. Někteří prchali zpět do svých sídel, další se vzdávali jezuitům a prosili je, aby je přijali do svých redukcí, přičemž jim samozřejmě ochotně poskytovali přesné informace o situaci otrokářů.
Po několika dnech se zoufalí otrokáři, s nimiž vůdci Guaraníů odmítli vyjednávat, pokusili o výpad prolomení obležení. Přes obléhací jednotky sice prorazili snadno, rychle ale zjistili, že cestu zpět po řece blokují síly příliš silné, než aby je dokázali překonat. Museli se tedy pokusit projít skrz prales, kde je indiáni pronásledovali za podmínek pro ně velmi výhodných. Domů se z celé víc jak třítisícové „armády“ vrátilo jen pár jednotlivců.
Z této tematiky čerpá působivý film „Misie“ (1986), který se odehrává v Jižní Americe, jehož pozadím je konflikt mezi Španělskem a Portugalskem o koloniální nadvládu nad Jižní Amerikou. Zatímco na španělském území mají jezuité možnost budovat své misie a obracet domorodce na víru, na portugalském území je jejich působení vnímáno jako překážka pro rozvoj otrocké práce na plantážích. Po uzavření úmluvy v Madridu v roce 1750 a z ní vyplývajícího posunutí hranic se řada misií vybudovaných původně na španělském území dostane na portugalskou stranu, čímž se misie ocitnou v nebezpečí a hrozí, že je nebude možné ani politicky ani silou zachránit.
