Toho proti němu postavili především drobní šlechtici, kteří využili králova oslabeného postavení. Králova syna Přemysla (budoucího krále Přemysla Otakara II.), kterému tehdy bylo kolem 15 let, si zvolili za svého „mladšího krále“, čímž právoplatného panovníka velmi nemile překvapili. A když si to Václav I. nenechal líbit, v zemi vypukla krutá občanská válka.
Král v ní ale navrch rozhodně neměl. Když Přemysl s vojsky šlechticů začal likvidovat poslední ohniska moci svého otce, nejpříhodnější se mu zdálo začít s Mostem. Jenže přecenil královu apatii a zdánlivou bezmocnost. Král sice jakž-takž snesl volbu mladšího krále, ale vzpoura jeho vlastní krve v něm vzbudila dřímající bojovnost, se kterou se před časem tak odhodlaně postavil proti Mongolům.
Svému synovi se Václav I. rozhodl čelit ovšem hlavně zásluhou Boreše z Riesenburka, který vlastnil rozsáhlé statky v severozápadních Čechách a měl o ně oprávněné obavy. Ještě spolu s Havlem z Lemberka dal tedy dohromady vojsko posílené značným množstvím bojovníků od míšeňského markraběte, v Praze jménem krále obsadil Vyšehrad a v listopadu roku 1248 rozdrtil Přemyslovo vojsko v noční bitvě u Mostu.
Tato přesvědčivá porážka vnesla do Přemyslova vojska rozkol a náležitě otřásla důvěrou v jeho další možná vítězství. Někteří šlechtici poté přehodnotili své postoje a přeběhli ke králi, který dále sháněl spojence, což se mu dařilo. V únoru 1249 oblehl Pražský hrad, který ovládal Přemysl. S pomocí měšťanů, kteří se přiklonili ke králi, po dalších dnech vyjednávání a nakonec i bojů 5. srpna 1249 byl Pražský hrad dobyt a vzpurný Přemysl kapituloval.
V klášteře Na Františku, kde byla abatyší Václavova sestra Anežka, se poté konal akt smíření otce se synem a byla sloužena děkovná mše. Poražený syn se musel vzdát všeho toho, co nabyl, tj. titulu mladšího krále a zabraných majetků, a musel složit přísahu poslušnosti. Král si pochopitelně také vyřídil účty se vzbouřenými šlechtici a většinu jich uvěznil na hradě Týřov na Křivoklátsku. Vůdce vzpoury, Ctibor „Moudrá hlava“ a jeho syn Jaroš, byli odsouzeni k smrti, ale podařilo se jim uprchnout do ciziny. Byli však vydáni zpět a v prosinci roku 1250 byl Ctibor sťat a Jaroš rozlámán v kole. Ostatní odbojné rody pak byly amnestovány.
Trest stihl také Přemysla. Asi do konce roku byl vězněn na hradě Přimda nedaleko Tachova (nebo podle jiných zdrojů na Zvíkově) „ukovaný za nohu k sloupu držán, aby se polepšil a aby činil pokání z uvedených přečinů“. Otec však s ním, vzhledem k tomu, že to byl nyní jeho jediný syn, stále počítal jako se svým nástupcem a svěřil mu správu moravského markrabství. Ani ne dvacetiletý Přemysl se také musel oženit s téměř o třicet let starší Markétou Babenberskou, čímž k českému království připojil „její“ Rakousko a Štýrsko. Vlády v zemi se ujal po smrti svého otce roku 1253, k níž došlo ve Královém Dvoře, jeho oblíbeném sídle uprostřed křivoklátských lesů. Pohřben byl vedle své milované sestry Anežky, roku 1989 svatořečené, v jejím klášteře, dnešním Anežském klášteře Na Františku v Praze.
Havel z Lemberka (Löwenbergu), jeden z těch, kteří krále Václava I. Jednookého nezradili, se po potlačení Přemyslovy vzpoury stal královým rádcem a jedním z nejvýznamnějších velmožů v zemi. Jeho manželka, známá Zdislava z Lemberka, byla roku 1907 prohlášena za blahoslavenou a 21. 5. 1995 svatořečena.
