Bázlivý i štědrý císař, který věřil svým rádcům
Rozhodování o důležitých věcech nechával na svých schopných rádcích, kteří byli skutečnými vládci. Zvláště velký vliv měli jeho rádce Jan Oldřich z Eggenberku a zpovědník, jezuitský páter Lamormain. Oba s ním přišli do Vídně ze Štýrska. Z císařovy hlavy údajně nebyla ani drastická opatření po potlačení českého stavovského povstání. Předtím, než potvrdil trest smrti pro 27 „českých pánů“, údajně celou noc nespal a radil se se svým zpovědníkem. Rozsudky nakonec podepsal až poté, co se zavázal vykonat kajícnou pouť k zázračnému obrazu Panny Marie do Mariazellu.
Fanatický katolík
Byl vychováván v přísné katolické víře. Na to dohlížela jeho matka, která ovlivňovala i jeho pozdější rozhodnutí, a to až do své smrti. V roce 1590 byl dvanáctiletý Ferdinand poslán do jezuitské koleje v bavorském Ingolstadtu. Ferdinandovi katoličtí učitelé mu vštípili přesvědčení, že panovník je zodpovědný za duchovní spásu svých poddaných a jeho povinností je chránit před odklonem od „správné“ (katolické) víry. To byl nejspíš důvod, proč později nestrpěl nekatolíky na ovládaných územích.
Do dědičných zemí se navrátil po dokončení svých studií v roce 1595 a podnikl pouť do Říma. Krátce po návratu začal tvrdě potlačovat vyznavače nekatolické víry. Jeho kroky vyvolávaly odpor mezi protestantskou šlechtou, její rozštěpenost mu ale umožnila dosáhnout toho, že kolem roku 1600 již byla většina vnitrorakouských zemí alespoň formálně katolická.
Českým králem ještě za života císaře Matyáše
Vzhledem k tomu, že císař Matyáš neměl žádné potomky, byl Ferdinand II. ještě za jeho života přijat českými stavy za českého krále (5. června 1617) a korunován v chrámu sv. Víta (29. června t.r.). Volbu mu zaručila tzv. Oňatova smlouva mezi rakouskými a španělskými Habsburky, podle které se španělská větev rodu vzdala nároku na vládu ve středoevropských zemích. Čeští stavové, kteří věděli o jeho protireformačním tažení v Korutanech a Štýrsku, jej zvolili králem za příslib respektování Rudolfova Majestátu, který zaručoval náboženské svobody šlechty a měšťanů.
Co slíbil, nesplnil ani omylem
Šlo o absolutistického vládce, jenž popíral světská práva šlechty, která se dosud těšila značným výsadám a podílu na vládě. Vzhledem k velkému počtu protestantů (a to i mezi šlechtou) se nový král stal brzy nepopulárním. Někteří jeho odpůrci zahájili dne 23. května 1618 Pražskou defenestrací české stavovské povstání, kterým začala v Evropě třicetiletá válka.
Na stranu českých nekatolických stavů se dala také protestantská šlechta z Horních a Dolních Rakous, která nechtěla Ferdinanda přijmout za arcivévodu.
Vídeňský dvůr, ovládaný císařovým kancléřem kardinálem Khleslem, chtěl situaci řešit diplomatickou cestou. Ferdinand proto nechal Khlesla v červenci 1618 zatknout a internovat. Nemocný císař v dané situaci zůstal pasivní a nijak nezasáhl.
Náboženství znovu zavleklo Evropu do dlouhé války
Po smrti císaře Matyáše v březnu 1619 se nemohl fakticky ujmout vlády v českých a rakouských zemích. Česká stavovská vojska pod vedením Matyáše Thurna oblehla Vídeň, ale o její dobytí se nepokusila. Stavovští předáci se dohodli, že se pokusí o diplomatické řešení. Chtěli jej donutit, aby potvrdil dřívější stavovské a náboženské svobody v Dolních a Horních Rakousích a v českých zemích. Dne 5. června 1619 pronikli zástupci rakouské protestantské šlechty do vídeňského Hofburgu a předložili mu své požadavky. Avšak dříve, než byl donucen tyto požadavky přijmout, byl osvobozen rychlým zásahem vojenského oddílu.
Dne 19. srpna 1619 byl generálním sněmem zemí Koruny české prohlášen za sesazeného. O týden později byl novým českým králem zvolen „zimní král“ Fridrich Falcký (1596, Lauterhofen, Německo – 1632, Mohuč, Německo).
Určitou satisfakci pro Ferdinanda bylo, že byl 28. srpna 1619 říšskými kurfiřty ve Frankfurtu nad Mohanem jednomyslně zvolen a korunován císařem Svaté říše římské. Bylo to v době, kdy vládl pouze sjednoceným rakouským zemím, ale neovládal žádnou z královských korun.
Cestou zpět do Vídně uzavřel v Mnichově tajnou dohodu se svým příbuzným Maxmiliánem I. Bavorským, s jehož pomocí a s pomocí polských a španělských katolických spojenců se mu již v září podařilo uklidnit poměry v rakouských zemích. Spojenci pak porazili 8. listopadu 1620 české stavovské vojsko na Bílé hoře. Po porážce stavů opustil Fridrich Falcký zemi, a Ferdinand II. se tak mohl opět ujmout vlády.
Zrušil veledůležitý Rudolfův Majestát a to velmi jednoduše, prostě ho přestřihl nůžkami.
Následovala vlna zatýkání, konfiskací majetku a tvrdých trestů, v červnu 1621 nechal v Praze popravit vůdce povstání.
V roce 1622 vydal tzv. generální pardon, jímž omilostnil další účastníky povstání, milost se ale netýkala majetků.
S novou ústavou přišel absolutismus
Potlačení povstání znamenalo nečekanou příležitost k prosazení rekatolizačních snah. V roce 1627 vydal tzv. Obnovené zřízení zemské pro Čechy, což byla ústava, která mimo jiné prohlásila České království za dědičné v Habsburské linii, zaváděla absolutismus namísto dosavadního stavovského zřízení (zemské sněmy ztratily právo volby českého krále), zrovnoprávnila němčinu s češtinou v úředním styku a zavedla jako jediné povolené katolické náboženství. O rok později vydal stejný zákoník i pro Moravu. Tato ústava se udržela v platnosti až do roku 1848.
V této době v důsledku tvrdé protireformační politiky musela zemi opustit velká část české inteligence, která odmítla přestoupit na katolickou víru (např. Komenský). To v praxi znamenalo postupný kulturní a jazykový úpadek českého národa. Zástupci stavů měli na výběr, zda přestoupí na katolickou víru, nebo emigrují. Poddaný lid však volbu neměl.
Ještě za svého života prosadil korunovaci svého syna Ferdinanda III. (1608 ve Štýrském Hradci – 1657 ve Vídni) římským králem (prosinec 1636). Zemřel ve Vídni 15. února 1637. Dokázal prosadit svoji koncepci centralizované Habsburské monarchie, zanechal však své země v ničivé třicetileté válce, která v té době jeho smrti zdaleka nebyla u konce.
Pohřben byl v mauzoleu ve Štýrském Hradci, které sám založil. Jeho srdce bylo uloženo v Hrobce srdcí v augustiniánském kostele, vnitřnosti ve Vévodské hrobce svatoštěpánské katedrály ve Vídni.
Byl dvakrát ženatý. Se svou první manželkou (sňatek 1600) princeznou Marií Annou Bavorskou (1574 v Mnichově – 1616 ve Štýrském Hradci) měl sedm dětí (tři zemřely v dětském věku). Po smrti Marie Anny byl 6 let vdovcem, než se oženil podruhé. V období svého vdovectví se údajně bránil svým sexuálním potřebám tím, že si oblékal žíněné roucho a bičoval se do krve důtkami. Jeho druhou ženu (1622) se stala princezna Eleonora de Gonzaga (1598 v italské Mantově – 1655 ve Vídni), toto manželství bylo bezdětné.
