Zároveň však také ale musíme přiznat i to, že osud mu do vínku nadělil ještě jednu výhodu, i když spornou. Humboldt byl podle všeho homosexuál, takže jeho partneři ho bez problémů mohli doprovázet na jeho cesty a ve vědeckém rozletu mu nebránily rodinné povinnosti a závazky.
Humboldt se tak mohl bez jakýchkoliv omezení zabývat výzkumy z oblasti fyziky, chemie, geologie, mineralogie, zoologie, oceánografie a astronomie a významně přispěl k pokroku i dalších věd. Ve vulkanologii vyvrátil „neptunismus“, tj. teorii, že Země byla původně tvořena vodou. V botanice založil nový obor zabývající se rozšířením rostlin na Zemi, klimatologii obohatil o pojmy izotermy a klima a geografii, čili zeměpis, pomohl definovat jako empirickou vědu. Také ho ale zajímaly otázky hospodářské geografie, etnologie a demografie. Při tvorbě svého velkolepého díla si kromě toho dopisoval s mnoha odborníky různých oborů z celého světa a vytvořil tak pozoruhodnou světovou vědeckou síť.
Základy k této své budoucí činnosti si přinesl už z rodiny. Alexandrův otec Alexander Georg (1720 – 1779), svobodný zednář a pruský důstojník pocházející z Pomořan, sloužil v tzv. Sedmileté válce a byl potom jmenován komořím pruské korunní princezny. S takto zajištěným postavením se oženil s vdovou Marií Elizabeth von Holwede (1741 – 1796), rozenou Colomb, pocházející ze zámožné rodiny hugenotů. Z tohoto manželství přišli na svět dva synové, Wilhem (1767 – 1835) a Alexander. Hlavní otcovou snahou bylo poskytnout jim co nejlepší výchovy a vzdělání a za tím účelem pro ně najal domácího učitele, aby přiblížil i osvícenecký způsob myšlení.
Po dokončení studií téměř všech tehdy existujících vědeckých disciplín Alexander Humboldt získal v podstatě encyklopedické vzdělání odpovídající úrovni poznání jeho doby a byl tak maximálně možně připraven uskutečnit svou první vědeckou cestu, a to do Latinské Ameriky. Kromě knih a zápisníků s sebou mladý vědec vezl i nejmodernější vědecké přístroje určené např. k měření sytosti nebeské modři, množství kyslíku ve vzduchu, galvanické články a chemická reakční činidla.
Přivedl divokou zvěř do měšťanských domácností. Od narození Alfreda Brehma dnes uplynulo již 190 let
Nejprve však musel odjet do Madridu, kde bylo třeba vzhledem k panujícímu nepřátelství mezi Pruskem a Španělskem požádat španělského krále o povolení cestovat do Španělské Ameriky. Ta se tehdy rozkládala od Kalifornie až po Hornův mys, čili po celé Humboldtově „zájmové“ oblasti. Po přímluvě saského diplomata dostal Humboldt povolení k cestě, kam se vydal na vlastní náklady.
5. června 1799 Humboldt spolu s francouzským botanikem a zároveň přítelem Aimé Bonplandem vyplul na lodi s příznačným jménem „Pizzaro“ a 16. července přistál ve Venezuele. Jeho expedice se protáhla na pět let a během ní oba cestovatelé urazili na 10 000 kilometrů Venezuelou, Kolumbií, Ekvádorem, Kubou, Peru a Mexikem. Prozkoumali do té doby téměř neznámé vnitrozemí španělských kolonií, tropické deštné pralesy, savany i sopky v Andách. Humboldt jako jeden z prvních objevil, že kontinenty, ležící na březích Atlantiku, tj. Jižní Amerika a Afrika, kdysi tvořili jeden celek.
Oba badatelé se také rozhodli prozkoumat prameny Orinoka, u nichž už španělští dobyvatelé kdysi dávno marně hledali bájnou zemi plnou zlata, legendární „Eldorado“. Chtěli zjistit, zda je pravda, jak se tehdy tvrdilo, že existuje tajemná řeka, která spojuje Orinoko s Amazonkou, a dokázali, že tomu tak skutečně je. Jako první tak tito vědci objevili jediný přírodní kanál na světě – „Casiquiare“. Řeku, která spojuje rozsáhlá povodí obou veletoků a měří 410 km.
Na své cestě oba badatelé také získali i přírodní jed „kurare“, který Indiáni používali na hroty svých šípů, a uskutečnili i výstup na nejvyšší ekvádorskou horu, nečinnou sopku Chimborazo (6 268 metrů), která tehdy byla považována za nejvyšší horu světa. Z expedice se Humboldt vrátil s bohatým vědeckým materiálem. V herbáři měl nasbíráno na 60 000 druhů rostlin a přivezl i 40 beden plných různých vzorků týkajících se zeměpisu, podnebí, geologie, zoologie a etnografických zvláštností.
Po této cestě se Humboldt usadil v Paříži, studoval získaný materiál, přednášel a publikoval výsledky své výpravy. Roku 1829, ve svých šedesáti letech, se na pozvání ruské vlády, vypravil na expedici po Ruské říši. Navzdory svým letům v dopisech tehdy psal: „Chodím bez potíží, devět až deset hodin bez odpočinku, navzdory mému věku a bílým vlasům“.
O jeho soukromém životě toho moc nevíme, protože svou soukromou korespondenci spálil. Můžeme však dovodit, že byl celkem pestrý a bohatý. Jako studentovi mu učaroval Wilhem Wegener, který studoval teologii a kterému psal dopisy plné vřelé lásky. Když mu bylo 25 let, seznámil se s jednadvacetiletým poručíkem Reinhardtem von Haeftenem (1772 – 1803), se kterým žil a cestoval dva roky. V roce 1794 mu napsal: „Já žiji jen pro tebe, můj laskavý, drahocenný Reinhardte.“ Když se Reinhardt zasnoubil, Humboldt „žebral“, aby mohl žít s ním a jeho ženou. „I kdybys mě musel odmítat a chovat se ke mně chladně a s pohrdáním, stále bych chtěl být s tebou… láska, kterou já k tobě cítím, není jen přátelská nebo bratrská, je to uctívání.“
Dále mu kromě již zmíněného Aimé Bonplanda v roce 1802 do života v Quitu vstoupil ekvádorský šlechtic Dona Carlose Montúfara (1780 – 1816), který dokonce spolu s Humboldtem odcestoval do Evropy, kde pak spolu nějaký čas žili. Ve Francii Humboldt cestoval a žil s fyzikem a vzduchoplavcem Josephem Lussacem. Později navázal hluboké přátelství s francouzským astronomem Francoisem Aragem a denně se spolu setkávali patnáct let.
Jeho způsob života někdy neunikl pozornému okolí. Jeho další společník na cestách, zbožný Francisco José de Caldas, ho nařkl z častých návštěv domů ve Quitu, kde „vládne necudná láska“ a z navazování přátelství s „obscénními zhýralými mladíky“ a že byl ve vleku „hanebných žádostí svého těla“. A „Bonplandem a jeho Adonisem“ odmítl nadále cestovat. Naproti tomu Humboldt jednou celkem překvapivě napsal: „Nemám smyslné potřeby.“
Ačkoli Humboldt raději žil v Paříži, do roku 1836 král Fridrich Vilém trval na tom, aby se vrátil do Německa. Humboldt potom přebýval u jeho dvora v Sanssouci a později v Berlíně, a to se svým komorníkem Seifertem, který ho doprovázel i v roce 1829 do Ruska. Na Seiferta také čtyři roky před smrtí převedl Humboldt darovací listinou všechen svůj majetek. Tento právní úkon vyvolal mnohé dohady, zvláště proto, že Seifert byl o nějakých 30 let mladší než Humboldt. Jejich vztah však byl hluboký, možná až rodinný. V závěru Humboldtova života se Seifert oženil, založil rodinu a Humboldt se stal kmotrem jeho dcery.
Pokud jde o ženy, zcela jistě ho okouzlila Henriette Herz, rozená de Lemos (1778 – 1847), považovaná za extrémně krásnou ženu své doby. Ale Humboldt se ani nedokázal – či nerozhodl – více sblížit.
Humboldtova homosexuální orientace zůstávala v jeho době skrývaná a jeho starší životopisci ho raději představovali jako „převážně asexuální idol s podobnými vlastnostmi, jako měl Kristus… vhodný jako národní vzor.“
Odkaz, který Humboldt vědě i nám všem zanechal, je obrovský. Především se dochovaly jeho cenné cestovní deníky, nyní uložené v Německu. Měly pohnutý osud, koncem války je ukořistila Rudá armáda a putovaly do SSSR. Odtud byly roku 1958 vráceny do tehdy východního Berlína a dnes jsou uloženy ve Státní knihovně v Berlíně.
Jako výraz uznání jsou po významném přírodovědci pojmenovány rostliny, zvířata, města, univerzity, školy, zeměpisné jevy, asteroidy a moře na Měsíci, které je občas viditelné ze Země. Za všechny jmenujme třeba Humboldtův proud, Humboldtova tučňáka nebo Humboldtovu univerzitu v Berlíně.
Ve stínu slavného přírodovědce zaniká podobně úspěšný život jeho staršího bratra Wilhelma von Humboldta, který se věnoval filozofii a jazykovědě, snažil se zájemcům přiblížit baskičtinu, přátelil se Goethem a Schillerem a založil roku 1810 Berlínskou univerzitu, později přejmenovanou na Humboldtovu. Na rozdíl od svého bratra se oženil a narodily se mu dvě dcery.
