Jeho otec Emanuel vyplnil přání umírajícího syna založením Domu milosrdenství v Nancy 18. června 1652. Pět prvních sester se dalo do nekončícího díla. Přijaly milosrdnou lásku za své poslání.
Podle činnosti je brzy lidé brzy začali nazývat milosrdnými – a jméno sv. Karla Boromejského přidávaly proto, že sochy tohoto italského kardinála zdobily průčelí a dvůr domu, kde sestry bydlely. Svatý Karel (1538, Arona, Itálie – 1584 v Miláně) stál nejen v názvu Kongregace, ale už od počátku utvářel svým příkladem srdce a službu sester.
Boromejky v Čechách
Alois Pavel Klár (1801 v Litoměřicích – 1860 v Praze), který po smrti svého otce Aloise (1833) řídil Klárův ústav slepých v Praze, požádal představenou mateřského domu v Nancy o vyslání sester do jeho zařízení.
S ohledem na dřívější zkušenost, kdy Kongregace vyslala na přání císaře Josefa II. několik sester do Vídně, aby tam založily novou komunitu, ale sestry se po několika letech vrátily zpět do Francie, protože si v Rakousku nedokázaly zvyknout, představená tentokrát francouzské sestry do Čech nevyslala.
Nabídla ale, že mateřský dům v Nancy pro službu milosrdných sester připraví schopné dívky z Čech. První dvě, Terezie Waltrová (později sestra Marie Adalberta) a Františka Fickerová (sestra Marie Louisa), odjely do Nancy v roce 1834. Tyto dívky doporučil českobudějovický kněz František Heřman Dichtl, blízký rodině Klárově. V roce 1835 byly k formaci v Nancy přijaty další dvě dívky, Terezie Preinfalková (sestra Marie Hippolyta) a Jana Němcová (sestra Marie Eufemie).
28. září 1837 se všechny čtyři vrátily jako sestry s věčnými sliby do Prahy, doprovázeny dvěma zkušenými francouzskými sestrami, Marií Terezií Helwig a Marií Ursulou Boirson. Prvním místem jejich působení byl Klárův Ústav slepých, kde však hned od počátku pracovaly ve velmi obtížných podmínkách.
Vdova po zakladateli ústavu Rosina Klárová totiž očekávala, že po příchodu sester bude ve vedení ústavu pokračovat a že jí sestry budou podřízeny. Sestry však podléhaly v poslušnosti své představené Terezii Helwig, která měla vést i ústav. Když paní Klárová zjistila tento stav věcí, hned první den příchodu sester odklidila všechny potraviny do svého domu, takže sestry ten večer neměly nic k jídlu ani pro chovance ústavu ani samy pro sebe.
Proto se sestry brzy odstěhovaly a bydlely v pronajatých prostorách.
V roce 1842 zakoupily za finanční pomoci dobrodinců, především knížete Františka Jiřího Lobkowicze a jeho sestry Heleny, dva domky pod strahovskou zahradou, které daly základ nemocnici a mateřinci s kostelem sv. Karla Boromejského.
Aby společenství bylo důvěryhodné v očích veřejnosti i svých potenciálních sponzorů a mohlo rozvíjet svou činnost, bylo nutné získat státní a církevní schválení. Pro České země byla společnost státně schválena 2. listopadu 1839 císařem Ferdinandem V.
Církevně schválil českou Kongregaci Milosrdných sester papež Řehoř XVI. 24. května 1841.
První mezi dívkami formovanými v Českých zemích byla Jana Neumannová (sestra Marie Karolina), sestra svatého Jana Nepomuka Neumanna, která vstoupila do čekatelství v lednu 1838.
V roce 1896 měla Kongregace v Čechách již osm set sester v osmdesáti šesti domech.
Brzy se stala jednou z nejpočetnějších a nejvýznamnějších ženských řeholí v Českých zemích. Roku 1930 měla 112 domů a 1.254 sester.
Válka nebyla to nejhorší, to přišlo za komunistů
Za druhé světové války nebyla činnost kongregace příliš narušena. Šlo o národnostně smíšený řád (asi jedna třetina z 1236 sester byla německé národnosti), a proto nebylo na rozdíl od některých jiných Kongregací požadováno rozdělení komunity. Sestry se dál staraly o nemocné a trpící. V řadě případů skrývaly ve svých klášterech a nemocnicích pronásledované lidi a partyzány. Po pádu nacismu se výrazně podílely na péči o vězně z koncentračních táborů.
Německá národnost části sester se stala komunistům a církvi nepřátelským úředníkům záminkou pro perzekuci kongregace bezprostředně po ukončení války. Úřady řízené komunisty protizákonně zabraly řadu zařízení řádu. Vydány zpět byly většinou až po několikaměsíčních soudních sporech, v některých případech se komunisty ovládaná místní správa vzepřela i pravomocným soudním rozhodnutím. Kongregace též silně utrpěla tím, že prakticky všechny sestry německé národnosti byly odsunuty, kvůli čemuž musely být některé instituce spravované řádem zrušeny, protože nebyl dostatek sester na jejich provozování.
Po únoru 1948 perzekuce zesílila. Postupně byla zabírána různá zařízení a sestry, které pracovaly v nemocnicích nebo školách, dostávaly postupně výpovědi. Na počátku 50. let dosáhlo rušení zařízení řádu masového charakteru a sestry začaly být vyřazovány ze společnosti a bez jakýchkoliv zákonných podkladů je úřady sestěhovávaly do internačních klášterů.
Když si stát vyžádal seznam sester i s jejich zařazením, generální představená Žofie Bohumila Langrová (1896 v Brně-Slatině – 1979 ve Znojmě-Hradišti) pojala podezření, že chce zakázat novickám skládat řeholní sliby a vstupovat do řad kongregace (případy ostatních řádů ukazují, že podezření bylo velmi odůvodněné). Tehdy vedení kongregace na její popud rozhodlo, že všem novickám bude povoleno okamžité složení řádných slibů bez splnění obvyklých čekatelských podmínek. To byl nejspíš důvod k vynesení tvrdého trestu 20 let kriminálu pro představenou, ze kterých si osm let odpykala. V kriminále se octly i dvě desítky jejích sester.
V 50. letech byl všechen majetek sester zestátněn, staré sestry byly soustředěny do charitních domovů a mnoho mladých sester bylo vyvezeno do pohraničí, kde pracovaly v textilních továrnách.
Do roku 1989 pracovaly sestry jen v některých domovech důchodců a v ústavech pro mentálně a tělesně postižené, většinou v pohraničí a málo osídlených oblastech. Tajně přijímané sestry pracovaly též v nejrůznějších civilních zaměstnáních.
Dělící čarou historie Kongregace je listopad 1989
V srpnu 1990 nastoupily tři sestry do lékárny a na internu Fakultní nemocnice od Petřínem, aby připravily cestu pro návrat dalších. Fakultní nemocnice v roce 1992 uznala vlastnická práva kongregace a tak 1. října 1993, před 25 lety, vznikla Nemocnice milosrdných sester sv. Karla Boromejského, navazující na stopadesátiletou tradici zdejší nemocnice boromejek.
Postupně se obnovil i přilehlý kostel sv. Karla a Mateřský dům sv. Notburgy.
Během 90. let se také obnovila činnost v Domově sv. Karla v Řepích a od roku 2000 převzaly sestry službu v římské koleji Nepomucenum.
S historií a prací kongregace se můžete do 28. října seznámit na výstavě v galerii Klementinum na Mariánském náměstí (denně mimo pondělí) od 10.30 do 18 hodin.
