Pro lepší pochopení jeho postavení v rakouském vládnoucím domě je třeba uvést, že jeho nejstarším bratrem byl následník rakousko-uherského trůnu František Ferdinand d’Este, zastřelený i se svou chotí při atentátu v Sarajevu. Když byly Ferdinandovi tři roky, zemřela jeho matka Marie Annunciata (1843 – 1871), dcera krále Obojí Sicílie Ferdinanda II., v pouhých 26 letech na tuberkulózu. Vychovala ho proto otcova třetí manželka Marie Tereza Portugalská (1855 – 1941), která se o všechny děti, jak nevlastní, tak vlastní, starala s velkou láskou, pochopením a obětavostí. Vyrůstal většinou na zámcích Reichenau a Artstetten.
Už od mládí se velice zajímal o kulturu, především o divadlo, přesto se musel podvolit tradici a sloužit u jezdectva, jak bylo obvyklé pro rakouské arcivévody. V šestnácti letech dosáhl hodnosti poručíka, ale ke koním nezískal žádný bližší vztah. Zato začal projevovat technické nadání. Postupně byl povýšen do hodnosti nadporučíka, později na kapitána a v roce 1897 se stal podplukovníkem. Po smrti korunního prince Rudolfa, syna císaře Františka Josefa I., začala Ferdinandova vojenská kariéra stoupat, v roce 1902 byl povýšen na generálmajora a převelen do Prahy.
V této době začal jeho vztah s dcerou profesora vídeňské techniky Bertou Czuberovou (1879 – 1979). Problémem byl však její měšťanský původ a z toho plynoucí společenská propast ještě větší než u arcivévody Františka Ferdinanda d´Este, který si za ženu vybral alespoň šlechtičnu, i když méně urozenou, než byl on sám. V roce 1903 se tajná láska arcivévody a Berty Czuberové stala veřejným skandálem a Ferdinand Karel požádal císaře Františka Josefa I. o povolení k sňatku. Ten mu jej nedovolili, ale Ferdinand Karel na sňatku trval. Proto byl 18. října 1904 ze „zdravotních důvodů“ propuštěn z armády a vykázán z Vídně na zámek Rosenstein, ale kýžené povolení stále nedostával.
Po pěti letech arcivévoda usoudil, že další čekání nemá smysl a v roce 1909 se ve Švýcarsku s Bertou tajně oženil. Následné reakce ze strany rozzlobeného císaře na sebe nenechaly dlouho čekat. V roce 1911 Ferdinanda Karla vyloučil z rodinného svazku Habsburků a odebral mu všechny tituly, vojenské hodnosti a vyznamenání. Ponechal mu jen malou roční rentu, a to jen na přímluvu arcivévodovy nevlastní matky Marie Terezy.
Po svém vyloučení z rodiny Ferdinand Karel přijal občanské jméno Ferdinand Burg a žil se svou ženou střídavě na zámku Rosenstein a Rottenstein poblíž Merana. Po smrti svého bratra Františka Ferdinanda roku 1914 byl pozván na pohřeb, ale v té době už z něho byl v jeho 45 letech zlomený starý muž, ignorovaný všemi členy rodiny i dvorem. V té době trpěl tuberkulózou, na kterou o rok později v Mnichově zemřel. Potomků se od své Berty, kterou tolik miloval, nedočkal. Jistě by ale měl radost, kdyby věděl, že se dožila požehnaného věku sta let. Zemřela roku 1979 a byla uložena po boku svého manžela na Untermaiském hřbitově u Merana.
