Počítal s tím, že na trůn usedne jako František II. a v první řadě měl v plánu odstranit ve své říši státní dualismus, který monarchii dělil na rakouskou a uherskou část, a nahradit jej novým federativním uspořádáním své říše, čímž vzniknou Spojené státy Velkého Rakouska.
Dětství budoucího následníka trůnu ovlivnilo především to, že se s ním pro nějaké dynastické účely zprvu ani nepočítalo už jen proto, že jeho otec byl nejmladším z celé bratrské trojice. Zatímco nejstarší bratr, František Josef, zdědil rakouský trůn a druhorozený Maxmilián se stal mexickým císařem, na Karla Ludvíka už žádný trůn nezbyl, a tak žil poměrně volným, dvorskými povinnostmi nesvázaným životem.
Jeho první manželka Markéta Saská podlehla po dvou letech manželství v pouhých 18 letech nákaze tyfem a toto manželství zůstalo bezdětné. Podruhé se Karel Ludvík oženil a Marií Annunziatou Neapolsko-Sicilskou, která mu dala celkem čtyři děti a jako prvorozeného právě Františka Ferdinanda. Když ve svých 28 letech zemřela na tuberkulózu, zřejmě podpořenou i vyčerpáním ze čtyř po sobě rychle jdoucích porodů, bylo Františku Ferdinandovi teprve osm let.
On i jeho sourozenci však měli štěstí v tom, že péči o ně, a to doslova mateřskou, převzala třetí manželka jejich otce, Marie Terezie Portugalská, a její vztah k nevlastním dětem se nezměnil, ani když se jí samotné narodily dvě dcery. Musela to být výjimečná žena, o svého nevlastního syna Františka Ferdinanda se obětavě starala, když v roce 1895 také onemocněl tuberkulózou, a jistě bylo i z valné části její zásluhou, že nemoc překonal a po třech letech se uzdravil.
Stála za ním i při prosazování morganatického, tj. co do urozenosti nerovného, sňatku se Žofií Chotkovou a také byla z rodiny jedinou osobou, která se zúčastnila 1. července 1900 jejich svatby, a to i se svými dvěma dcerami. Stejně podpořila i dalšího nevlastního syna, Ferdinanda Karla, když si vybral za ženu neurozenou dceru profesora vídeňské techniky, Bertu. A když ho jeho strýc, císař František Josef I., vyloučil z rodiny Habsburků, odebral mu všechny tituly, vojenské hodnosti a vyznamenání, vymohla mu na císaři alespoň malou roční rentu. O třetího nevlastního syna Otu Františka Josefa obětavě pečovala, když se nakazil syfilidou, jíž také podlehl.
Na Františka Ferdinanda se usmálo štěstí, když se roku 1875 stal dědicem pobočné větve habsubrsko-lotrinské dynastie d´Este poté, co její poslední představitel, František V. Modenský, zemřel bezdětný. Dědictví na Františka Ferdinanda přešlo za podmínky, že přijme rodové přízvisko d´Este, což se stalo, a do roka se obstojně naučí italsky, což se stalo jen částečně, neboť František Ferdinand nebyl zrovna talent na jazyky.
Následníkem rakouského trůnu se stal roku 1889, když korunní princ Rudolf, syn Františka Josefa I., spáchal sebevraždu. Jako další následník trůnu by v úvahu připadal císařův bratr Maxmilián, mexický císař, ten však byl v té době již mrtvý a zemřel bez potomků. Následníkem se proto stal třetí z bratrů, Karel Ludvík, a ten se následnictví vzdal ve prospěch svého nejstaršího syna Františka Ferdinanda d´Este.
Již v té chvíli bylo jasné, že Rakousko-Uhersko budou pod jeho vládou čekat zajímavé časy. František Ferdinand měl totiž dosti rozporuplnou povahu. Nejlépe ji charakterizoval rakousko-uherský ministr zahraničí, hrabě Leopold Berchtold z Uherčic: „Byl potomkem dvou příslušníků obou nejskvělejších dynastií světových dějin – Habsburků a Bourbonů. Krví zcela odlišné knížecí rody se svými specifickými, hojně kontrastujícími vlastnostmi vtiskly mu těmito protiklady jistou nevyrovnanost a originalitu. To, co bylo v jeho povaze jednoduché, přirozené, družné, smysl pro patriarchální život a klid mysli, ušlechtilé dbání na osobní důstojnost a na udržování rodové tradice – to tak říkajíc starorakouské – zdědil po svém otci Karlu Ludvíkovi. To bylo habsburské dědictví od císaře Františka a od velké Marie Terezie. Naproti tomu vášnivost, hněvné vzplanutí, pýcha, autokratické a nesnášející odpor, které byly vlastní jeho naturelu, právě tak jako smyslné potěšení z krásy, z tvaru a barvy, z výtvarného umění, z vkusné nádhery – to bylo bourbonské.“
František Ferdinanda d´Este si byl rovněž vědom toho, že Rakousko-Uhersko prochází stejně, jako většina Evropy, bouřlivým hospodářským rozvojem, kterému bude lépe odpovídat jiné státoprávní uspořádání, a to federativní, čímž vzniknou Spojené státy Velkého Rakouska. Tím by ovšem zejména Uhři přišli o mnohá privilegia, která v průběhu staletí získali za to, že bránili jižní hranici Evropy proti mohamedánům, jak se tehdy říkalo muslimům. Historické zkušenosti z těch dob se přenesly ostatně i do dnešního postoje Maďarska k imigraci. Dnes si to možná tak neuvědomujeme, ale v minulosti Evropa čelila útokům islámských národů po celá staletí a např. již český král Zikmund, ze všech stran od historiků haněný, právě proto do Uherska přemístil zbytky husitů, aby tam bojovali proti jiné víře a jinému národu, než proti příslušníkům svého národa, kteří jsou křesťany stejně jako oni.
Z plánů na novou podobu Rakouska-Uherska a tím i novou podobu Evropy sešlo 28. června 1914, když byl v Sarajevu i se svou manželkou František Ferdinand d Éste zabit při atentátu. Tato událost se stala nejen záminkou k propuknutí první světové války v Evropě, ale také obrovskou rodinnou tragédií. Manželství následnického páru bylo obecně považované za šťastné a často dokonce označované i jako romantické. Vzešly z něj čtyři potomci, Žofie z Hohenbergu (1901 – 1990), Maxmilián z Hohenbergu (1902 – 1962), Ernst Hohenberg (1904 – 1954) a syn, který zemřel při porodu (1908).
František Ferdinand svou rodinu velice miloval. Jeho dcera, Žofie, už ve vysokém věku, vzpomínala, že tatínka milovali a ctili, pořád byl kolem nich a staral se o ně. Byl přísný, často děti napomínal, ale z jeho jednání vyplývalo, že jsou mu drahé, že je má rád a že pro něho mnoho znamenají. Když pracoval a udílel audience, směly sedět u něho v koutku a hrát si. Večer přišel k jejich postýlkám a popřál jim dobrou noc. Vždycky to byl milovaný, dobrý tatínek.
Následníkovi potomci se po válce a vzniku čs. státu, který je do značné míry připravil o rodový majetek, uchýlili do ciziny. Když roku 1916 zemřel rakouský císař František Josef I., na trůn usedl jako Karel I. (1887 – 1922) tehdy nejstarší příslušník dynastie, syn bratra Františka Ferdinanda d´Este Oty Františka Josefa. I on uvažoval o reformách, ale historie mu nedala příležitost je realizovat.
A my se můžeme jen ptát, kam a jak by se ubíral vývoj Evropy, kdyby nebylo 26. června 1914 osudného atentátu v Sarajevu, kolem kterého i dnes nacházíme tolik nejasností a rozporných skutečností jako u vraždy Johna Fitzgeralda Kennedyho (1963).
