Velkou, přímo osudovou šanci dostal po smrti polského a uherského krále Vladislava III. Varnenčika (1424 – 1444) v bitvě u Varny ve východním Bulharsku 10. listopadu 1444. V ní byla spojená polská a maďarská vojska pod velením Varnenčika a „Turkobijce“ Jana Hunyadyho (1387 – 1456) poražena tureckým sultánem Muradem II., který tak nadlouho upevnil tureckou nadvládu v jihovýchodní Evropě. Protože Varnenčikovo mrtvé tělo nebylo po bitvě nalezeno, objevily se pověsti, že se mu podařilo z boje vyváznout a že stal se poustevníkem ve Španělsku. Tam ho prý také údajně podle šesti prstů na noze poznal Lev z Rožmitálu, když tam vedl mírové poselstvo svého krále (a švagra) Jiřího z Poděbrad. Na druhou stranu se ale traduje i to, že Varnenčikovu hlavu nechal sultán Murad II. naložit do medu, a ještě dlouhé roky po bitvě ji ukazoval svým návštěvám.
V každém případě však bylo za Vladislava III. Varnenčika třeba najít náhradu a uherští magnáti uznali za svého krále tehdy teprve čtyřletého Ladislava Pohrobka. V zastoupení za něj vládlo sedm kapitánů, z nichž jedním byl i Jan Jiskra z Brandýsa. Ten po bitvě u Lipan roku 1434, v níž umírnění husité porazili ty radikálnější, spolu s dalšími žoldnéři vstoupil do služeb Zikmunda Lucemburského. Zikmund potom jeho oddíl nasadil na jižní hranici do bojů s Turky, hlavně v okolí Bělehradu. Zřejmě s tou myšlenkou, že když mají tihle válečníci takového bojové ducha a chce se jim pořád bojovat, ať to alespoň přinese zemi užitek. Proč se mají vysilovat v bratrovražedném boji křesťanů proti křesťanům v české občanské válce, když se mohou angažovat v boji s nevěřícími.
V roce 1446 zvolil uherský sněm zemským správcem Jana Hunyadiho, který se okamžitě dostal s Janem Jiskrou do konfliktu. Ten vyvrcholil 7. září 1451 v bitvě u Lučence (Losoncz), kde Jan Jiskra početnější Hunyadiho vojsko porazil a Hunyadi tehdy sám stěží vyvázl životem. Po uzavření míru v Rimavské Sobotě musel Hunyadi zaplatit Jiskrovi válečnou náhradu a nadále respektovat jeho mocenské postavení na Slovensku (tehdy Horních Uhrách).
Roku 1452 přijel do Uher osobně Ladislav Pohrobek a rozhodl se, v rozporu s tím, jak dopadla bitva u Lučence, potvrdit v hodnosti nejvyššího zemského hejtmana Jana Hunyadiho, zatímco Jana Jiskru, v podstatě z neznámých důvodů, ze svých služeb propustil a za jeho hrady a města na Slovensku mu vyplatil náhradu. Jan Jiskra se s nastalým vývojem událostí pragmaticky smířil, rozpustil své vojsko, které se povětšinou přidalo k bratříkům, a sám odešel ze Slovenska. Již o čtyři roky později ho však Ladislav Pohrobek povolal zpět a vrátil mu jeho někdejší území na Slovensku. A to především proto, aby tam Jan Jiskra nyní potlačil bratříky.
Zanedlouho, roku 1457, však ani ne osmnáctiletý Ladislav Pohrobek nečekaně zemřel a Janu Jiskrovi nezbylo, než lavírovat mezi polským a uherským panovníkem. Vše se vyřešilo, když ho roku 1462 přijal do svých služeb Matyáš Korvín, syn Jana Hunyadiho, a Jiskra se potom v dalších letech opět zapojil do bojů proti Turkům. A to zřejmě úspěšně. Předpokládá se totiž, že zesnul roku 1469 v požehnaném věku téměř sedmdesáti let ve svém rodovém sídle v Brandýse. Ale pouze se to předpokládá. Třebaže byl Jan Jiskra z Brandýsa významnou osobností své doby, nedochovaly se o jeho smrti žádné přesnější zprávy.
