Především proto, že jen jedna kulka způsobila papeži sice vážné, ale nikoliv smrtelné zranění střev, ostatní tři zasáhly jeho ruce. V té chvíli selhal záložní střelec Oral Çelik, který na papeže vůbec nevystřelil. Navíc ani neodpálil menší nálož, která měla na místě atentátu způsobit zmatek a umožnit tak oběma atentátníkům uniknout. Skoro se tedy zdá, že za nevydařeným atentátem spíše, než zázrak stála určitá neschopnost těch, co ho měli provést.
Ali Ağca v té době přitom byl již poměrně zkušeným zločincem. Patřil k organizaci Bozkurtlar, nacionalistickým a krajně pravicovým „Šedým vlkům“. 1. února 1979 zabil šéfredaktora tureckých novin Milliyet, novináře Abdiho İpekçiho. Před tímto činem organizoval v Istanbulu a Ankaře pouliční bitky proti levicově orientovaným studentům.
Po zavraždění İpekçiho uprchl s Halukem Kırcim, dalším vysoce postaveným členem Šedých vlků, do východního Turecka a schovával se tam. Po návratu do Istanbulu ho policie zatkla, ale 24. listopadu 1979 se mu podařilo z vojenské věznice Maltepe uprchnout, snad právě s pomocí vojáků napojených na Šedé vlky.
Potom Ağca pod falešným jménem Vilperi cestoval po celé Evropě, vykazoval se různými pasy a měnil si totožnost, možná proto, že chtěl zamaskovat své spojení s bulharskou rozvědkou, s níž začal spolupracovat a která se na přípravě atentátu na papeže rovněž podílela.
Do Říma spáchat atentát přijel Ağca 10. května 1981 vlakem z Milána. Podle jeho pozdější výpovědi se zde měl setkat s dalšími třemi spolupachateli, jedním Turkem a dvěma Bulhary. Operaci velel Zilo Vassilev, bulharský vojenský atašé v Itálii. Jak Ağca vypověděl, on a záložní střelec Oral Çelik měli zahájit palbu na papeže na náměstí sv. Petra, malou explozí vyvolat paniku a uniknout na bulharské velvyslanectví.
13. května 1981, v den 64. výročí Zjevení Panny Marie ve Fatimě, seděli oba atentátníci na náměstí jako turisté, aby nevzbudili pozornost, psali pohlednice. Když papež projížděl ve svém speciálním vozu, papamobilu, kolem nich, v 17.17 hodin Ağca vystřelil z 9 mm poloautomatické pistole Browning Hi-Power čtyři výstřely a papeže vážně zranil. Snažil se utéct a ztratit v davu, ale byl zatčen šéfem vatikánské bezpečnosti Camillo Cibinem s pomocí jedné jeptišky a několika náhodných diváků.
Po několika rozsudcích, vězněních a propuštěních byl Mehmet Ali Ağca s definitivní platností propuštěn na svobodu 18. ledna 2010, a to i na základě přímluvy Jana Pavla II., který ho dokonce navštívil ve vězení. Obsah jejich jistě pohnuté rozmluvy zůstal pro veřejnost částečně tajemstvím dodnes.
Po svém propuštění atentátník na počátku roku 2013 prohlásil, že atentát inicioval ajatolláh Chomejní. Existuje ale i několik dalších teorií týkajících se tohoto atentátu:
- Myšlenka na atentát vznikla v Moskvě, kdy KGB nařídila bulharskýma východoněmeckým tajným službám, aby ho provedly, a to proto že Jan Pavel II. jako Polák podporoval polské hnutí Solidarita;
- Sám Agca ve svých výpovědí uváděl různá protikladná prohlášení. K tomu jeho advokát Antonio Marini prohlásil: „Ağca nás všechny zmanipuloval, řekl stovky lží, neustále se měnící verze a nutil nás otevřít desítky různých vyšetřování“;
- Původně přitom Ağca prohlašoval, že je členem marxistické lidové fronty za osvobození Palestiny (PFLP), ta ale jakékoliv své spojením s ním popřela.
Pozadí atentátu tedy zůstává stále nejasné. Což však u činů tohoto druhu není nic neobvyklého.
