Okupace Československa byla vyvrcholením eskalace Hitlerových útoků na již tak omezenou suverenitu pomnichovské Druhé republiky. Dne 14. března 1939 slovenský sněm odhlasoval vytvoření Slovenského štátu v čele s Tisem. Maďarsko předalo československé vládě ultimátum požadující vyklizení Podkarpatské Rusi. V této situaci se vydala delegace včele s prezidentem Háchou do Berlína jednat s příčinou všeho dění – Adolfem Hitlerem. Starý a nemocný československý prezident během dlouhého vyjednávání s německým kancléřem zkolaboval. V jednu hodinu po půlnoci, Hitler sdělil svůj záměr okupovat za několik hodin zbytek českých zemí a připojit je ke Třetí říši. Ústy svých generálů vyhrožoval leteckým bombardováním Prahy v případě otevřeného odporu na straně Čechů. Emil Hácha i pražská vláda nakonec souhlasili.
Během 15. března 1939 obsadila německá vojska české země. Operaci s krycím názvem Březnový vír velel generál Walther von Brauchitsch. K překročení českých hranic došlo oficiálně přesně v 6 hodin ráno a to v síle 22 divizí o 350 000 mužích. Do vzdušného prostoru Čech a Moravy pronikla i německá Luftwaffe, ve větší míře ale německá letadla přilétala až další dny poté, co se zlepšilo počasí. Česká armáda, svázaná rozhodnutím politiků, se nemohla postavit na ozbrojený odpor. V Čechách mezitím ministerská rada nepřetržitě zasedala celé dny od 14. – 15. března 1939.
Následně se vláda rozhodla podat demisi, ale nakonec na Háchovo přání setrvala. Adolf Hitler vydal 16. března 1939 výnos o zřízení protektorátu Čechy a Morava. Protektorát neměl žádnou státní povahu. Naopak, stal se integrální součástí Třetí říše. Mezi politiky dlouho přetrvával názor, že zbytek Čechy a Morava budou malým státečkem jako Slovensko. V tisku se následující den objevil výnos o zřízení Protektorátu – zvláštní důraz kladl tisk na příslib autonomie. Říšská propaganda zase na sounáležitost k říši. Státní prezident Hácha odvolal parlament a 21. 3. jmenoval výbor Národního souručenství v čele s Adolfem Hrubým a po přechodné vojenské správě byl 27. 3. jmenován státním prezidentem A. Eliáš do čela nové vlády.
Okupanti velice rychle zrušili liberální tržní mechanismus a nahradili jej přísně řízenou a direktivním systémem regulací hospodářských procesů. Již 21. 3. 1939 schválila Beranova vláda nařízení, které zavádělo nucenou správu hospodářských podniků a nařizovalo případně dosazovat do závodů „treuhändry s právem dohledu. V červenci 1939 byla protektorátní vládou vyhlášena všeobecná pracovní povinnost. Zahraniční obchod byl striktně regulován ve prospěch Německa – zahraničnímu obchodu ublížila i úprava kurzu mezi českou korunou a říšskou markou.
Těsně před okupací tvořil kurs 6 – 7 korun za 1 říšskou marku – okupanti posléze kurs upravili v poměru 1:10 korunám, tím Němci vydělávající v Protektorátu zbohatli o jednu třetinu.
Tendence k organizovanému československému národnímu odboji je možné pozvolna sledovat již od jara 1939. Nikdo tehdy nepovažoval protektorát za konečný stav – vžil se proto posměšný název „protentokrát“, množily se anekdoty a protiněmecké pamflety. V polovině června 1939 bylo zakázáno zpívat národní písně v restauracích, vinárnách a ve veřejných místnostech. V biografech byla zřízena funkce dozorce. Okupanti zasáhli i proti tzv. řeči dlaní – v některých divadlech bylo zakázáno během představení tleskat a opakovat jednotlivé árie. Dalším kulturním protiněmeckým odbojem se stalo 55. výročí úmrtí Bedřicha Smetany. Projevy odporu se objevovaly i na sportovních utkání.
Neustále se zdůrazňovaly slavné kapitoly z českých dějin. Konaly se národní poutě. Mezi největší patřily pouť na Říp 30. 4. 1939, které se zúčastnilo přes 60 000 lidí nebo výprava k sv. Vavřinečku, které se zúčastnilo přes 100 000 lidí. Již na přelomu dubna 1939 připravila skupina vydavatelů Josefa Šaldy první číslo ilegálního časopisu V boj.
Německá tajná služba – gestapo – ihned na začátku okupace pozatýkalo vedoucí sociální demokraty, komunisty, německé emigranty a veřejně činné antifašisty. Všechny potenciálně politické a stranické odpůrce třetí říše začala tajná policie popravovat hned po 15. březnu. Dalším okruhem lidí určeným k likvidaci byli homosexuálové, Židé, Romové a česká inteligence. Trest smrti hrozil za odbojovou činnost, za sabotáže, za tisk, roznášení či přechovávání protistátních letáků, za poslouchání zahraničního rozhlasu, za ukrývání potravin a za obchod s nimi mimo lístkový systém. Nezákonné byla pochopitelně také spolupráce s odbojem, partyzány, armádami nepřátelskými Třetí říši či tajnými službami. Životu nebezpečné bylo veřejné prezentování názoru negativního vůči okupantům.
Podle posledních bádání historiků Vojenského ústředního archívu v Praze činí počet obětí německé okupace zhruba 343 tisíc osob. Do tohoto počtu však nejsou zahrnuti lidé, kteří zemřeli po válce na následky týrání, věznění v koncentračních táborech, totálním nasazení atd.
