Rodina Jana Karafiáta sice patřila k zámožnějším v Jimramově, dětství budoucího spisovatele bylo přesto velmi skromné, v duchu kalvínského vyznání, jež bylo vlastní i jeho otci Františku Karafiátovi. Ten se oženil s vdovou se čtyřmi dětmi a společně s ní pak měl dalších šest potomků, takže jich bylo přesně tolik, co malých broučků. Jan z nich přišel na svět jako předposlední.
Na jeho vzdělání se ale nešetřilo. Jan Karafiát nejprve studoval na německém piaristickém gymnáziu v Litomyšli, v šestnácti letech přešel na německé evangelické gymnázium ve vestfálském Güterslohu a dále studoval bohosloví pak v Berlíně, Bonnu a ve Vídni. Po skončení studií pracoval na doporučení svého vídeňského profesora Eduarda Böhla rok v Kolíně nad Rýnem v rodině vynálezce a továrníka Eugena Langena jako vychovatel, neboť nebylo v evangelických sborech právě volné žádné farářské místo. Po roční vikářské praxi v Reformované církvi v Roudnici v letech 1870 – 1871 odešel znovu na studia do Edinburghu na jednu z kolejí Svobodné skotské církve, která mu také tato studia financovala. Vynikal zvláště v biblistické lingvistice.
Roku 1870 vstoupil Jan Karafiát do londýnského misijního bratrstva a byl vyslán do Roudnice, náležející tehdy do krabčického sboru, kde roku 1864 zřídil černilovský farář Václav Šubert dívčí institut, sirotčinec a nedělní školu. Ačkoliv by misijní práce odpovídala Karafiátovu poslání, byl jí nakonec zklamán, neboť se od něj očekávalo, že bude místní katolíky, tedy již křesťany, získávat pro evangelickou víru. Vděčně proto přijal od londýnského bratrstva jiný úkol – napsat knížku o Janu Husovi. Hotova byla už na jaře roku 1871.
Od roku 1872 Jan Karafiát učil náboženství, pedagogiku, didaktiku a češtinu v Evangelickém učitelském semináři v Čáslavi a roku 1874 se stal jeho správcem. V roce 1875 byl uveden jako farář ve valašské Hrubé Lhotě na Moravě. Za svého dvacetiletého pobytu se mu tam poměrně dobře zdařil pokus vést církevní sbor podle pravidel nejpřísnějšího řádu v duchu kalvinismu, jako „krásnou církev Kristovu“ tak, jak si už kdysi dávno vysnil. Ke sklonku života se přestěhoval do Prahy.
Vedle své duchovní práce byl Jan karafiát i literárně činný. Kromě knihy o Husovi se věnoval své milované lingvistice v „Rozboru Kralického Nového zákona co do řeči i překladu“, kde se jako vůbec první vědec zabývá historií kralického textu Nového zákona ve všech vydáních, od toho prvního Blahoslavova až po nejnovější, přičemž se nerozpakuje zabývat se i chybami vzniklými překladem. Pro mládež napsal povídku „Kamarádi“ o nešťastném manželství evangelíka a katoličky, a nejen dětem je určen mravoučný příběh „Broučci“.
Klade v něm důraz na bezmyšlenkovou poslušnost, jež se v kalvinistickém prostředí velmi cenila. Sympatické toto dílo bylo zřejmě i většině nejen tehdejších rodičů jakéhokoliv vyznání, protože s naprosto poslušným dítkem je pochopitelně daleko méně starostí než s dítětem tak „zlobivým“, jako byl Brouček. Ona poslušnost, a to vůči Bohu, se týká i dospělých a ve chvílích nejtěžších, jak je ostatně vyjádřeno v závěru, když přišla krutá zima:
„Ach, ti broučci pod jalovcem, jestli oni to vydrží? – Nechť. Však jestli zmrznou, oni poslušně zmrznou.”
V kalvínském duchu skromný autor vydával všechna svá díla anonymně a nemalý finanční zisk, který mu Broučci vynesli, i autorská práva k nim odkázal své Českobratrské církvi evangelické. Zemřel 31. ledna 1929 v Praze a je pochován na Vinohradském hřbitově. Na náhrobním kameni je uveden jako „Jan Karafiát, reformovaný farář mimo službu, spisovatel Broučků“.
Z rodu Karafiátů, který byl vážen pro svou vzdělanost, vedle spisovatele a kněze Jana Karafiáta, pocházeli také buditel Josef Karafiát (1794 – 1874), který shromáždil vzácnou sbírku starších i novějších českých i cizojazyčných knih, a Jan Karafiát, obchodník v Brně, jenž podporoval vydávání a rozšiřování českých knih. Nositelem poměrně neobvyklého příjmení je dnes cca 550 občanů ČR.
