Jako své biskupské heslo si Vilmos Apor vybral: „Crux firmat mitem, mitigat fortem“ (Kříž posiluje slabé a mírní silné). Ve svých kázáních vystupoval jak proti komunismu, tak proti nacismu, i když to pro něj představovalo velké osobní riziko. Byl proto ve své diecézi velmi oblíbený a lidé ho považovali za téměř svatého. Za války protestoval proti pronásledování Židů a aktivně jim pomáhal se skrývat. Ve svém kázání proneseném o Velikonocích na Bílou sobotu v roce 1944 řekl:
„Kdo odmítá první příkaz křesťanství a vyhlašuje, že zde jsou lidé, skupiny a rasy, které mohou být nenáviděny a pronásledovány, kdo předpokládá, že lidé jako černoši či Židé mohou být týráni, musí být považován za pohana, byť by se sám vydával za křesťana. Každý, kdo schvaluje týrání lidí nebo se na něm podílí, páchá těžký hřích.“
V Aporově případě to nebyla prázdná slova. Pro Židy organizoval humanitární pomoc, křtil je i poté, co to přijaté protižidovské zákony zakazovaly, neboť pro pokřtěné Židy existovaly výjimky z protižidovských zákonů a schvaloval, aby jim byla vydávána falšovaná křestní osvědčení. Vystupoval též na jejich obranu ve svých kázáních a organizoval pro ně mezinárodní pomoc, mimo jiné ve spolupráci s von Balthasarem, švýcarským katolickým teologem.
Když se koncem války přiblížily boje k Győru, biskup uprchlíkům nabídl jako úkryt svoji rezidenci a také tam ukryl ženy z okolí, které se obávaly znásilnění. Když na Velký pátek 30. března Rudá armáda ovládla město, opilí sovětští vojáci prohledali i biskupskou rezidenci, zda se tam neskrývají nějací Němci. Později týž den se tam čtyři nebo pět vojáků vrátilo a chtěli odvést 100 žen do kasáren, které by pomohly s „přípravou jídla a loupáním brambor“. Tuto frázi ovšem používali, ať už chtěli ženy k čemukoliv.
Biskup byl na tento požadavek připraven a zavedl rudoarmějce do té části rezidence, kde ubytoval jen muže a staré ženy. Tam se pro výpomoc v kuchyni nabídlo několik dobrovolníků. Děvčata a mladší ženy byly ukryty, takže cestou tam ani zpátky rudoarmějci žádnou nezahlédli. Později se však několik důstojníků, notně opilých, vrátilo. Vrazili do rezidence a narazili na jedno mladé děvče, které v domnění, že nebezpečí už pominulo, opustilo skryté prostory. Vojáci se pokusili dívku chytit, ta utíkala a křičela: „Strýčku Vilmosi! Pomozte!“. Biskup přiběhl, postavil se mezi ni a vojáky, ukázal na dveře a rozkřikl se na ně, že „sem nesmí, ať okamžitě odejdou“. Zmatení Rusové se před statným a energickým mužem v sutaně skutečně dali na ústup, ale jeden z nich se na odchodu otočil a vypálil po biskupovi dávku ze samopalu. Poté vojáci odešli.
Biskupa zasáhly tři kulky, z toho jedna mu způsobila závažné zranění v oblasti břicha, kde uvízla. Těžce raněný kněz byl převezen do nemocnice, ale cesta trvala příliš dlouho, protože museli projet kontrolními body. Rusové vždy sanitku zastavili a zkontrolovali, včetně lehátka raněného, zda se ve voze nevezou nějaké cennosti.
V nemocnici, kde byl biskup operován, přijal svátosti. Lékaři přesto doufali, že by mohl přežít, protože ten den biskup vzhledem k velikonočnímu půstu nejedl nic a den předtím jen velmi málo, takže do dutiny břišní nemohl z trávícího traktu uniknout téměř žádný obsah. Ale o dva dny později se objevily rychle sílící příznaky vážné infekce, proti níž byli lékaři bezmocní a 2. dubna, na Velikonoční pondělí, krátce po poledni, biskup Apor svým zraněním podlehl. Odměnou mu před smrtí byla zpráva, že rudoarmějci se do jeho rezidence už nevrátili, čili že lidem, kteří se tam ukrývali, nebylo nijak ublíženo. Na tuto zprávu biskup reagoval větou: „Děkuji Bohu, že přijal moji oběť.“
Tělo biskupa Apora bylo provizorně uloženo a v poválečné situaci pohřbeno až týden po smrti v kostele karmelitánského kláštera. Nicméně se počítalo s tím, že až bude bazilika v Györu opravena a připraví se v ní hrobka, bude biskup pohřben tam.
To se také stalo, ovšem komunistické úřady těsně před plánovaným obřadem zakázaly veřejný pohřeb i přesun těla. Snaha potlačit biskupovu památku tímto způsobem se nesetkala s úspěchem, lidé se chodili modlit i k zatím prázdnému hrobu a nemožnost pohřbít biskupa tam, kam patřil, se postupně stávala jedním ze symbolů náboženského útlaku v Maďarsku a komunistům působila čím dál více problémů. V roce 1985 komunistický režim kapituloval a povolil přemístění biskupova těla do hrobky, byť bez veřejných obřadů.
Proces blahořečení tohoto mučedníka byl zahájen 5. března 1991 a papež Jan Pavel II. navštívil jeho hrobku v roce 1996. Za blahoslaveného prohlásil biskupa Vilmose Amora 9. listopadu 1997. Památku statečného biskupa také připomíná Katolická vysoká škola Vilmose Apora (Apor Vilmos Katolikus Főiskola) ve městě Vác.
