Město totiž bránila podstatně slabší stavovská posádka čítající asi 300 pěších a 40 jízdních žoldnéřů, zemskou hotovost, tj. nikoliv regulérní profesionální jednotku, ale oddíl narychlo naverbovaný z řad civilního mužského obyvatelstva, a píseckou domobranou podobného rázu.
Dobývání města začalo dělostřeleckým ostřelováním 29. září 1620 a v noci na 30. září se podařilo obléhatelům přisunout děla ještě blíže k hradbám. Účinek dělostřelby byl poté tak ničivý, že císařským vojákům se na jednom málo střeženém úseku podařilo překonat hradby. Ráno začal Písek uvažovat o kapitulaci, s určitou nadějí, že by ho před ní mohly zachránit stavovské posily. V poledne již bylo jasné, že stavovské vojsko od Milevska včas nedorazí a Písek se na jedné straně města vzdal. Z druhé strany byl potom císařskými regulérně dobyt a vydrancován a obyvatelstvo, zvláště muži, vyvražděno. Podle nejvyšších odhadů bylo tehdy zabito asi 2700 obránců a obyvatel Písku. Traduje se, že kromě žen a dětí tento barbarský útok přežilo sotva dvacet mužů, a to jen proto, že se šťastně ukryli v řece pod jezem.
V Písku se po jeho dobytí stal velitelem Don Martin de Hoeff-Huerta (2. pol. 16. st. – 13. 12. 1637) přezdívaný „Poberta“. Pocházel z chudé šlechtické rodiny v Nizozemí a svoji kariéru začínal jako prostý voják. Časem si naloupil a nakradl tolik, že si mohl pořídit vlastní vojenský oddíl a císař ho povýšil na podplukovníka. Byl to neoblíbený, hrubý a surový žoldnéř bez citu a studu, který odíral nejen obyvatelstvo na dobytém území, ale i císaře, kterému vykazoval přemrštěné částky za vydržování vojska.
Dobytí Písku posloužilo jako exemplární výstraha pro další města ve stavovských rukách, která by snad chtěla katolickým vojskům klást odpor. Řada z nich se po této ukázce brutální síly žoldnéřské armády místo obrany raději císařským vojskům a jejich spojencům rovnou vzdala. Stavovské povstání jako takové potom zanedlouho skončilo porážkou jeho vojsk 8. listopadu 1620 u letohrádku Hvězda na Bílé hoře. Stavy zvolený český král Fridrich Falcký, posměšně pro krátkost své vlády zvaný Zimní král, vzápětí Prahu opustil a odjel do Vratislavi.
K moci v Českém království se vrátil rakouský císař a jím nařízená poprava 27 vůdců povstání na Staroměstském náměstí 21. června 1621 byla už jen dohrou celé této rebelie, a to nečekaně a překvapivě krutou. I když formálně se, stejně jako dobytí Písku, odehrála už v novověku, Čechy jako by středověk zatím neopustil.
