Ferdinand byl nejstarším synem Františka II., Svatého římského císaře a Marie Terezie z Neapole a Sicílie. Od narození byl nemocný, trpěl zřejmě epilepsií, hydrocefalem, neurologickými problémy a poruchou řeči, pravděpodobně v důsledku genetické blízkosti rodičů, kteří byli bratranec a sestřenice. Ferdinand tak měl také pouze čtyři praprarodiče a nikoliv osm, jak je běžné u dětí, jejichž rodiče nejsou tak blízcí příbuzní. Kromě toho byl i porod těžký, bolestný a dlouhý. Vychovateli následníka trůnu byl baron Josef Kalasanz von Erberg a jeho manželka, hraběnka Josephine, rozená von Attemsová.
Ferdinanda jeho okolí považovalo za slabého a neschopného vládnout. Přesto, i když měl epilepsii, si vedl souvislý, úhledně psaný a čitelný deník, měl smysl pro humor a dovedl se blýsknout i břitkým vtipem. Dále hrál dobře na klavír a trubku, miloval operu, zabýval se přírodními vědami a botanikou. Kromě němčiny hovořil dokonce dalšími pěti jazyky – francouzsky, italsky, maďarsky, latinsky a česky – a který jiný Habsburk hovořil česky? Avšak utrpení, které mu působilo až dvacet epileptických záchvatů denně, podstatně omezilo jeho schopnost vládnout alespoň trochu efektivně.
Na trůn Ferdinand nastoupil po smrti svého otce Františka II. 2. března 1835 a ten před smrtí zařídil vše tak, aby Ferdinand všechny aspekty vnitřní politiky konzultoval s Metternichem, rakouským ministrem zahraničí, který v podstatě vládl místo Ferdinanda. Dále Ferdinandovi usnadnil situaci tím, že Státní radě, tj. vládě, předsedal císařův strýc, arcivévoda Ludvík, a jejím členem byl jak Metternich, tak český hrabě František Antonín Kolovrat.
Po revolucích v roce 1848 se vzdal 2. prosince 1848 vlády a císařem se stal jeho synovec František Josef I. Po své abdikaci žil na Pražském hradě až do své smrti 29. června 1875. Dožil se 82 let, i když mu lékaři předpovídali krátký život a je pohřben v hrobce číslo 62 v císařské kryptě ve Vídni.
S Ferdinandovým životem se pojí řada historek spíše tragikomického rázu. Když se 27. února 1831 oženil, či spíše byl oženěn, a to na dálku, s princeznou Marií Annou Savojskou, dvorní lékař považoval za nepravděpodobné, že by byl schopen manželství konzumovat, tedy zvládnout pohlavní akt se svou ženou. Když se o to pokusil, dostal prý pět záchvatů. A tak jeho manželství zůstalo bezdětné, i když jeho choť děti velmi milovala.
Jindy zas pobavil okolí, když přikázal kuchaři připravit k jídlu meruňkové knedlíky, ačkoli nebyla meruňková sezóna, a to slovy: „Jsem císař a chci knedlíky!“ (Ich bin der Kaiser und Ich will Knödel!).
Když revolucionáři v roce 1848 pochodovali před císařským palácem, Ferdinand požadoval na Metternichovi, aby mu objasnil, co se děje. Když Metternich odpověděl, že ti lidé dělají revoluci, Ferdinand prý měl na to říct: „Ale je to dovoleno?“ Potom ho Felix Schwarzenberg přesvědčil, aby se vzdal vlády ve prospěch svého osmnáctiletého synovce Františka Josefa, který pak vládl na rakouském trůně dalších šedesát osm let.
Ferdinand toto zaznamenal do svého deníku lakonicky: „Tato záležitost skončila novým císařem klečícím před jeho starým císařem a lordem, tedy mnou, a žádal o požehnání, které jsem mu dal, položil jsem mu obě ruce na hlavu a udělal znamení svatého kříže … pak jsem ho objal a políbil našeho nového pána, a pak jsme šli do našeho pokoje. Poté jsem já a moje drahá manželka uslyšeli Svatou mši … Poté jsem se svou drahou manželkou sbalili naše věci.“
Za doplnění ještě stojí, že Ferdinand byl posledním českým korunovaným králem a zbytek svého života strávil na Pražském hradě a na zámcích Ploskovice a Zákupy. Byl skromný, štědrý a dobrosrdečný a třeba Praze postupně věnoval kolem 450 000 zlatých. A zatímco v Rakousku měl nepřeložitelnou zesměšňující přezdívku „Gütinand der Fertige“ ve smyslu Dobrodand Vyřízený, Pražané ho měli rádi a nazývali ho „Ferdinandem V. Dobrotivým“.