Tomás byl synovcem významného dominikánského teologa a kardinála Juana de Torquemady, a tak se nelze divit, že to zřejmě mladého Tomáse ovlivnilo. Proto se již v mladém věku stal řeholníkem a ve Valladolidu působil v klášteře jako kuchař. Později studoval univerzitu v Salamance. Musel to být jistě velmi ambiciózní a inteligentní muž, protože brzy se stává rádcem královny Isabelly Kastilské I. a krále Ferdinanda II. S královnou se seznámil v klášteře Santa Cruz v Segovii, kam byl za své zásluhy jmenován představeným. Sluch mu dopřávala hlavně královna, jejímž zpovědníkem byl už od dětství. V roce 1483 ho tak jmenovala velkým inkvizitorem pro Kastilii a León a 17. října téhož roku rozšířila jeho pravomoci na Mallorku, Arrago, Katalánsko a Valencii. Zřejmě v té chvíli sama netušila, jak velké rozpoutá ve své zemi peklo…
Již v roce 1484 vydal 28 článků pro vedení inkvizitorů, jejichž působnost byla rozšířena na čarodějnictví, sodomii, lichvu, rouhání, polygamii a další přečiny. Bylo povoleno mučení za účelem získání důkazů. Inkvizitor byl přesvědčen, že existence židů, židovských konvertitů (Marranos) a islámských konvertitů (Moriscos) je hrozbou pro celé království. Zajímavé je, že existují domněnky o tom, že sám byl židovského původu. Tvrdí to například soudobý historik Hernando de Pulgar.
Ve Španělsku byli pro inkvizici křesťané trestně odpovědní už od útlého věku. Chlapci od 14. roku života a dívky již od dvanácti let. Konvertité byli vedeni pod stálým dozorem církve a sledováni jako podezřelí.
Torquemadovo nepřátelství vůči židům vedlo zřejmě k tomu, že ovlivnil panovníky, aby vyloučili ze své nadvlády všechny židy, kteří nepřijali křesťanství. Židé učinili králi nabídku, že zaplatí 30 tisíc dukátů, pokud budou smět v zemi zůstat. Když byl panovník již náchylný nabídku přijmout, objevil se prý Torquemada s krucifixem a zvolal: „Jidáš Iškariotský prodal Krista za 30 stříbrných, Vaše výsost se Ho chystá prodat za 30 tisíc dukátů. Tady je, prodejte Ho.“ Nechal prý krucifix na stole a odešel. Podle odhadu z října 1492 opustilo tedy Španělsko 40 tisíc židů.
Fanatici dobra bývají nelidsky krutí, a to vždy a všude. Jen Napoleon na krátký čas inkvizici zrušil
Inkvizitor rovněž nechal pálit všechnu nekatolickou literaturu. I když v prvních letech jeho působení měl na své straně sympatie zanícených katolíků a pro panovníky byla i část zabaveného majetku vítaným příjmem, postupně pro svoji krutost a fanatismus začal být nenáviděným a obávaným. Musel cestovat v doprovodu i několika stovek ozbrojenců, jelikož mu hrozilo, že na něj bude spáchán atentát. Byl to nepodplatitelný asketický fanatik, naprosto přesvědčený o své neomylnosti.
Když jeho řádění začalo být neúnosné, snažili se panovníci omezit jeho vliv, což nebylo jednoduché, protože získal obrovskou moc. Jeho krutovláda nakonec trvala 15 let. Počet obětí se dnes přesně nedá odhadnout, ale většina pramenů se shoduje na dvou tisících upálených. Konec svého života dožil v klášteře v Ávile, kde 16. září 1498 zemřel a byl zde také pohřben. V roce 1832 byl hrob vypleněn a ostatky spáleny.
Jeho postava se objevuje například v povídce Jáma a kyvadlo od A. E. Poa a bylo o něm napsáno několik knih, z nichž některé vyšly i v češtině.
