Noriega měl v té době už za sebou poměrně složitý politický vývoj. Nejdříve byl spojencem Spojených států a od 50. let do 80. let 20. století dokonce pracoval i pro CIA. Později se orientoval nacionalisticky, což by zas až takový problém nebyl, ale hlavně protiamericky, a to mu USA nemohly dlouho trpět. Panamský diktátor podporoval obchod s drogami a navázal styky s kolumbijským drogovým kartelem a také porušoval obchodní embargo, které USA uvalily na Kubu, kde tehdy vládl Fidel Castro. Následně jej Spojené státy obvinily ze špionáže pro Kubu a Noriega na oplátku začal Spojené státy veřejně označovat za nepřítele.
Noriegovo chování tak pro USA začalo představovat bezpečnostní riziko, a proto se rozhodly pro invazi do Panamy s cílem zadržet a internovat Noriegu. Invazi nazvanou jednoduše „Just Cause“ odůvodnily tím, že je třeba
- chránit životy asi 35 000 amerických občanů, kteří tehdy žili v Panamě;
- nastolit v Panamě demokracii;
- zabránit ohrožení neutrality Panamského průplavu;
- zasáhnout v Panamě proti obchodu s drogami.
Během invaze ve dnech 20. 12. 1989 – 31. 1. 1990 se Noriega chtěl ukrýt na kubánské nebo nikaragujské ambasádě, ale přístup k nim hlídali američtí vojáci. Pátý den požádal o azyl na vatikánském velvyslanectví v Panamě, kde se pak ukrýval a strávil několik týdnů pod jeho ochranou. Americké armádní jednotky oblast uzavřely a obléhaly velvyslanectví. Součástí obléhání byl i psychologický nátlak, jenž zahrnoval např. pouštění hlasité hudby. Armádní jednotky nemohly vtrhnout dovnitř a Noriegu zatknout, protože budova vyslanectví i jeho pozemek byly majetkem a suverénním územím Vatikánu.
Podle údajů OSN přišlo během invaze o život kolem 500 panamských civilistů. Podle jiných pramenů stála životy až 5000 civilistů a 200 vojáků. 3. ledna se Noriega vzdal, byl zatčen a odvezen na Floridu, kde byl obviněn dle federálních zákonů a postaven před soud za obchod s drogami, vydírání a praní špinavých peněz. Na lavici svědků usedli i někteří z jeho bývalých spojenců i jeho nepřátelé. Noriega byl nakonec shledán vinným a 10. července 1992 byl odsouzen ke 40 letům vězení. V roce 1999 mu byl tento trest zmírněn na 30 let.
V roce 1999 o vydání Noriegy požádala Panama, aby se tam zpovídal ze zločinů, jež se staly během jeho vlády. V nepřítomnosti byl v roce 1995 odsouzen na 20 let odnětí svobody. O jeho vydání požádala rovněž Francie, která jej odsoudila za finanční podvod na 10 let. Tam byl vydán roku 2010 a strávil tam rok ve vazbě, přičemž mu francouzská vláda odmítla přiznat statut válečného zajatce, který měl v USA. V prosinci 2011 jej Francie vydala do Panamy.
Začátkem února roku 2017 byl Noriega hospitalizován v nemocnici Santo Tomas kvůli vysokému krevnímu tlaku a krvácení do mozku. V březnu se podrobil operaci, která měla odstranit nádor na mozku. Posléze se vyskytly komplikace s krvácením, které nešlo zastavit, Noriega upadl do kómatu a 29. května 2017 zemřel.
Z jeho osobního života je zajímavé to, že Noriega se v 60. letech oženil s Felicidad Sieiro, povoláním učitelkou. Měli spolu tři dcery – Lorenu, Sandru a Thays. Noriega by členem Národní gardy a Siero učitelka. Manželství nebylo šťastné, Noriega byl své ženě často nevěrný. Felicidad uvažovala i o rozvodu, ale pak svůj názor prý změnila.
Noriega byl také hluboce pověrčivý člověk, neomylně věřil v ochranu svých talismanů, od kterých se nikdy neodloučil. Svého času probleskly také zprávy o tom, že Noriega musel být souzen v USA, protože v Panamě by se nenašel žádný soudce, který by ho odsoudil, aniž by si pak mohl být jist životem.
