Obecná škola v Třeboradicích
První školou na území dnešní městské části Praha – Čakovice byla obecná škola v Třeboradicích. Ta byla zřízena za vlády císařovny Marie Terezie; zpočátku jako škola triviální, později farní. Původní škola byla pouze jednotřídní, ale v roce 1856 byla rozšířena o druhou třídu, v roce 1881 o třetí a v roce 1895 o čtvrtou. Až do otevření čakovické školy chodily do Třeboradic děti z širého okolí, například z Mírovic, Veleně, Miškovic, Letňan i samotných Čakovic.
Nová čakovická škola
V roce 1878 byla v Čakovicích otevřena první trojtřídní škola, která se v roce 1881 rozšířila na čtyřtřídní. Školní budova č. p. 100 (dnešní gymnázium) byla postavena v letech 1881-82 A. Richterem z Českého Brodu a její celkový náklad činil 15 835 zl. Vzhledem k nárůstu obyvatel Čakovic i okolních obcí byla za další čtyři roky škola rozšířena na pětitřídní. Na přelomu století již bylo tříd sedm.
Za zmínku jistě stojí osoba řídícího učitele Jana Urbana, který v Čakovicích působil již dlouhou dobu a kromě školních povinností byl též členem obecního zastupitelstva a prvním kronikářem obce.
Počet žáků neustále rostl, a tak bylo rozhodnuto o výstavbě nové školy. Nová budova č. p. 500, stojící dnes na nám. J. Berana, byla postavena za 178 dní (tj. od podepsání zadávací smlouvy 10. 12. 1935 do kolaudace 25. 9. 1936). Škola byla skutečně moderní stavbou, která měla vše potřebné a na svou dobu skutečně přepychové vybavení: ústřední vytápění, tělocvičnu s jevištěm, koupelnu se sprchami, bazénem a dalšími specializovanými hygienickými zařízeními, umyvadla v každé třídě, elektrické osvětlení, moderní šatny, žulové obklady aj. Otevření školy se konalo slavnostně dne 28. 10. 1936 a přítomen byl mimo jiné i bratr prezidenta Beneše, senátor Vojta Beneš, který v Čakovicích také působil jako učitel.
Moderní historie
V letech 1982-84 proběhla rekonstrukce budovy a došlo také k přistavění nové části školy, což ji rozšířilo o deset samostatných tříd, tři specializované učebny, šest kabinetů, centrální šatny pro obě budovy a o další účelové prostory. Budova také byla propojena se starou školou č. p. 100. V těchto letech nesla jméno prvního poválečného ministra školství Zdeňka Nejedlého, v současnosti pak má ve svém názvu jméno Dr. Edvarda Beneše.
V roce 2007 byla provedena další rekonstrukce, na přístavbě bylo ještě postaveno jedno patro a škola byla rozšířena o dvě třídy a tři odborné učebny. Ve stejném roce došlo k přístavbě sportovní víceúčelové haly vedle školy. V roce 2012 pak byla provedena další přístavba tříd do výklenků pod střechou na původní budově č. p. 500.
Gymnázium kdysi…
V budově staré školy č. p. 100 bylo v roce 1953 zřízeno gymnázium, jehož ředitelem se stal Miloš Schmidt. V roce 1964 bylo přestěhováno do prostor zámku a v roce 1973 na Prosek. K opětovnému otevření čakovického gymnázia došlo až v roce 1993. Od této doby je především gymnáziem šestiletým. První ředitelkou po znovuotevření školy se stala Iva Štěpánová, která gymnázium vedla až do roku 2006.
