Původně lokální český konflikt pokračoval tím, že generální sněm Koruny české neuznal dřívější, již v roce 1617 sjednaný, nárok štýrského arcivévody Ferdinanda na český trůn. Místo něj si české protestantské stavy zvolily za českého krále kurfiřta Fridricha Falckého. Ferdinand Štýrský se proto rozhodl s pomocí Katolické ligy stavovské povstání v Čechách potlačit a svůj nárok na český trůn vydobýt vojenskou silou.
Rozhodujícím momentem bylo v tomto případě, že moravské stavy souhlasily s tím, aby císařská vojska prošla přes jejich území. Celkem šlo o více jak 10 000 mužů. Ti potom mohli vpadnout do Čech přes Znojmo a Jihlavu, spojit se s císařskými oddíly z jižních Čech a vyrazit na Prahu. Ke střetu se stavovskými došlo u Čáslavi, kterou stavovské vojsko obsadilo jen několik hodin před příchodem protivníka. Císařští tedy rozbili tábor nedaleko města a patovou situaci nakonec vyřešil jejich velitel Buquoy ústupem ze svého tábora a jeho zapálením 16. září 1618.
Během následujících týdnů bylo císařské vojsko postupně oslabováno drobnými střety s nepřítelem i místním obyvatelstvem, chladem, úplavicí a problémy se zásobováním a postupně ustupovalo z Čech. K nevyhnutelnému střetu se stavovskou armádou o síle 14 000 mužů došlo u Lomnice nad Lužnicí 9. listopadu, kde Buquoy zaujal bojové postavení na hrázi jednoho z rybníků. Kolem poledního stavovské vojsko především díky dělostřelbě hráz dobylo a došlo k hlavnímu střetu spočívajícím hlavně v dalším vzájemném ostřelování.
Po dalších pěti hodinách se s příchodem tmy, neboť slunce tehdy zapadlo před půl pátou, Buquoy od stavovských odpoutal a v devět večer dorazily jeho první hlídky do Budějovic. Bitva proto skončila vítězstvím stavů. Hrabě Thurn považoval další pronásledování Buquoye potmě za příliš riskantní, s vojskem přečkal noc na místě bitvy a druhý den ráno se uchýlil do Lišova. I když měl oproti císařskému vojsku víc jak dvojnásobnou převahu, rozhodl se nepřítele u Budějovic nechat na pokoji. Buquoy nezaváhal, v Budějovicích se opevnil a udělal z nich spolehlivou základnu.
U Lomnice ztratil Buquoy na 1500 mužů, z toho jich 400 až 600 zahynulo v boji, asi 400 jich bylo zajato a ostatní zraněni. Hrabě Thurn ztratil jen o 80 mužů a 120 bylo raněno. Je ale možné, že kronikáři stranící stavům toto číslo umenšili. Stavovské vojsko sice svým vítězstvím u Lomnice zabránilo císaři v okupaci Prahy a uhájilo právě nastolené nové zemské zřízení a vládu stavovského direktoria, svým váháním po bitvě ale umožnilo nepříteli zůstat v Čechách. Tím si povstalé stavy připravily další krušné chvíle a nakonec i celkovou porážku.
