Čapajevova vojenská kariéra začala po vypuknutí první světové války, kdy byl odveden do armády a absolvoval poddůstojnickou školu. V bojích proslul velkou odvahou, byl vyznamenán třemi Řády sv. Jiří a dosáhl hodnosti seržant-major (praporčík). Po těžkém zranění sloužil v záložním pluku v Nikolajevsku. V létě 1917 vstoupil do bolševické strany a na sjezdu zástupců vojáků v Kazani byl jmenován velitelem záložního pluku, jehož byl příslušníkem.
Po říjnové revoluci organizoval jednotky Rudé gardy (předchůdkyně Rudé armády) v Nikolajevském újezdu, postupně se stal velitelem pluku, brigády a divize Rudé armády a bojoval proti uralským kozákům a českým legionářům, nepřátelům sovětské revoluční moci. 25. pěší divize, které velel jako tzv. načdiv (ruská zkratka této funkce) se vyznamenala při dobytí Ufy a Čapajev sám obdržel vyznamenání Rudého praporu. Padl 5. září 1919, když jeho velitelského stanoviště u města Lbiščensk v Kazachstánu nečekaně napadli Uralští kozáci. Údajně se tohoto přepadení měli zúčastnit i vojáci čs. legií na Rusi, není to však historicky prokázáno.
A právě okolnosti Čapajevovy smrti zůstávají dodnes tajemstvím. Podle vzpomínek účastníků přepadení byla tehdy na straně bílých na dopadení Čapajeva vyčleněna zvláštní četa. Ta v čele se zajatým vojákem Rudé armády jako informátorem zaútočila na dům, kde měl Čapajev velitelství a kde měl být i on sám. Kozáci si ho však během přepadení spletli s jiným vojákem Rudé armády, Čapajev mezitím vyskočil oknem a podařilo se mu spolu s ostatními svými vojáky z domu utéct, i když byl přitom zraněn do ruky. Čapajev potom zastavil útěk asi stovky svých vojáků, kteří v panice prchali k řece Ural, a v jejich čele se s kulometem postavil nepříteli na odpor.
O přesných okolnostech toho, jak Čapajev padl, a o osudech jeho mrtvého těla se traduje několik verzí. Kozákům byla za mrtvého Čapajeva slíbená odměna 20 000 rublů, ale jeho tělo se nikdy nenašlo. Podle některých zpráv Čapajev utrpěl během boje další zranění do břicha a dva rudoarmějci, Maďaři, ho těžce zraněného, ale ještě žijícího položili na provizorní vor z půlky vrat a přeplavali s ním řeku. Na druhém břehu zjistili, že Čapajev během cesty vykrvácel.
Proto tito dva Maďaři rukama vyhrabali v písku jámu, do ní uložili mrtvé tělo, zahrabali ho a navrch ještě naházeli rákosí, aby kozáci Čapajevovo tělo nenašli. Zřejmě předpokládali, že později se slavnému veliteli dostane řádného pohřbu, ale k tomu už nikdy nedošlo. Tok řeky Ural se během let mnohokrát změnil a místo, kde byl Čapajev pohřben, se už nepodařilo nalézt. Poslední takový pokus se podle Čapajevovy dcery konal za přítomnosti účastníků tohoto střetu nalezených v Maďarsku v 60. letech minulého století.
A to stále ještě není všechno. Od 20. let se čas od času v tisku objevují alternativní verze popisující úmrtí legendárního komandýra. Syn jednoho rudoarmějce z 25. divize v 60. letech uvedl, že podle jeho otce a jeho spolubojovníků byl Čapajev po smrti převezen do Uralska a pohřben na městském hřbitově. V roce 1926 sovětský tisk informoval o zatčení bývalého kozáckého důstojníka Mirského, který údajně Čapajeva zastřelil poté, co byl zajat při útoku na Lbiščensk. Čapajevova dcera Klaudia a jeho pravnučka Jevgenie se k tomu ještě vyjádřily v tom smyslu, že Čapajeva zradili jeho vlastní lidi a že jeho smrt zosnoval a připravoval Lev Trocký. Neexistují však žádná další ověřená fakta, která by toto vyvrátila nebo potvrdila.
Mnoho historiků a publicistů v každém případě opakovaně uvádělo, že Čapajevova role v dějinách občanské války není adekvátní jeho kultu, který vznikal v Sovětském svazu ve 20. a zejména 30. letech. A ani jeho smrt nebyla za situace v roce 1919 ničím výjimečným, stejně jako Čapajev tehdy v různých bitvách a střetech padli mnozí další rudí velitelé. O nich však nikdo nenapsal tak poutavou knihu jako to v roce 1923 udělal jeho spolubojovník Dmitrij Furman. Čapajeva i jeho vojáky v ní líčí takové, jací tehdy skutečně byli. Kromě hrdinů se v ní objevují i zbabělci a třeba i zloději. Furman zde předložil i svou verzi okolností Čapajevov smrti. Podle něj Čapajev zemřel uprostřed řeky a jeho tělo vzala voda, protože na druhém břehu už ho nikdo neviděl. Na základě této knihy se tato verze dostala později i do učebnic.
Možná se velmi hodila i proto, že ohledání Čapajevova těla by prokázalo, jak skutečně zemřel. Co když to nebylo kulkami nepřátel, ale rukou vlastních lidí? Ať už z nějaké osobní msty nebo kvůli vypsané odměně. Potom by opravdu bylo pro sovětskou ideologii lepší, aby se Čapajevovo tělo nikdy nenašlo.
Opravdovou legendou se ale Čapajev stal až díky filmům, které o něm byly natočeny – „Čapajev“ (1934) a „Čapajev s námi“ (1941). Do scénáře prvního z nich zasáhl sám Stalin a nechal do něj připsat romantickou linii kulometčice Anky, která pochopitelně nikdy neexistovala, je jen smyšlenou postavou. Film se promítal s velkým úspěchem, do začátku druhé světové války ho vidělo asi 60 milionů diváků a sám Stalin si ho roku 1936 nechal promítnout 38krát. Pochopitelně se objevily i první vtipy s tímto filmem související, např. dotaz, proč lidé chodí do kina na Čapajeva znovu a znovu? – Čekají, až vyplave.
Čapajevův kult pronikl i do písňové tvorby. Pamětníci si možná ještě vzpomenou, jak na hodinách ruštiny před rokem 1989 zpívali: „Komandír, geroj geroj Čapajev byl vsjo vremja vperedí…! (Velitel, hrdina hrdina Čapajev, býval vždycky vepředu…)
