Narodila se 21. října 1901 v Postupimi v rodině Thüringenových jako dcera sládka pivovaru a po maturitě studovala učitelství pro mateřské školy. V roce 1921 se zúčastnila pietní vzpomínky na Karla Liebknechta a Rosy Luxemburgové, ve 20 letech vstoupila do komunistické mládeže a roku 1926 do Německé komunistické strany (KPD – Kommunistische Partei Deutschlands). V roce 1922 se provdala za Rafaela Bubera, ale za tři roky se s ním rozvedla. V manželství se narodily dvě dcery, které později žily u dědečka Martina Bubera.
Od roku 1928 pracovala v redakci mezinárodního časopisu Kominterny, kde se seznámila s komunistickým poslancem Heinzem Neumannem. Nacistický převrat v 1933 je oba zastihl ve Španělsku, následující rok žili ve Švýcarsku a po Neumannově vyhoštění v roce 1935 odjeli ze Švýcarska do Moskvy, což byl jejich fatální omyl. O dva roky později se totiž Heinz Neumann stal obětí stalinských čistek, tzv. „Velkého teroru“. Byl zatčen NKVD a 26. listopadu 1937 odsouzen k trestu smrti vojenským kolegiem Nejvyššího soudu Sovětského svazu a tentýž den zastřelen.
Poté, co takto „zmizel“, byla v roce 1938 Margarete „manželka nepřítele lidu“ odsouzena k pěti letům vězení v Karagandě v Kazachstánu a co přesně se stalo s jejím manželem se nikdy nedozvěděla.
Po sblížení nacistického Německa a Sovětského svazu završeném v srpnu 1939 podpisem paktu Ribbentrop-Molotov byla Margarete Neumannová v únoru roku 1940 spolu s dalšími zařazena do programu vzájemné výměny vězňů mezi SSSR a Německem organizované NKVD a Gestapem. Byla vydána do Německa a jako komunistka odsouzena na pět let do koncentračního tábora Ravensbrück. Tam se kromě jiného setkala s protinacistickou odbojářkou Orli Waldovou a s Milenou Jesenskou, přítelkyní Franze Kafky, o níž později napsala knihu.
Pár špatných rozhodnutí, zničená rodina a sebevražda. Tragický a hlavně varující osud ruské básnířky
V koncentračním táboře zažila i to, že ke konci války kvůli nedostatku látky na stejnokroje vězňů dostaly vězeňkyně místo nich oblečení po těch, které nacisté poslali do plynu. Na zádech měly tyto oděvy kvůli rozlišení od běžného „civilu“ vyříznuté kříže v podobě X podšité jinou látkou. Později byl tento zdlouhavý postup označování vězeňských oděvů nahrazen jednoduchým bílým křížem namalovaným na šaty olejovou barvou.
Po druhé světové válce si Margarete rozšířila příjmení na Buber-Neumannová a přijala pozvání k pobytu ve Švédsku, kde žila a pracovala tři roky. V roce 1950 se vrátila do Německa, tedy do toho západního, a bydlela ve svém rodném Frankfurtu nad Mohanem, nyní už jako přesvědčená antikomunistka.
Ve svých knihách podala svědectví o obou koncentračních táborech a totalitních systémech jak v SSSR, tak v nacistickém Německu. Svým svědectvím o skutečných poměrech v SSSR podpořila ruského emigranta Viktora Kravčenka, který byl francouzským komunistickým tiskem obviněn, že Sovětský svaz pomlouvá a že existenci gulagů si jednoduše vymyslel. Roku 1980 byla Buber-Neumannová vyznamenána Křížem za zásluhy Spolkové republiky Německo. Zemřela ve věku 88 let 6. listopadu 1989 ve Frankfurtu nad Mohanem – pouhé tři dny před pádem berlínské zdi.
Pokud jde o srovnání komunismu a nacismu, na základě vlastní zkušenosti napsala:
„Mezi trestnými činy Hitlera a Stalina podle mého názoru existuje pouze kvantitativní rozdíl… Nevím, pokud jde o komunistickou myšlenku, jestli již její teorie obsahovala nějakou základní chybu, nebo zda jen sovětská praxe pod vedením Stalina zradila původní myšlenku a uskutečnila v Sovětském svazu jakýsi fašismus.“