U Lomnice nad Lužnicí stavovské vojsko zvítězilo. I tak to ale byl začátek jeho konce
Po smrti českého krále a římského císaře Matyáše, bratra Rudolfa II., vypukly v českých zemích rozpory mezi katolíky a protestanty naplno. Vše začalo defenestrací dvou katolických místodržících z oken Pražského hradu 12. května 1618. Začala třicetiletá válka.